銀行業在一國金融乃至經濟體系中的地位舉足輕重。商業銀行在內部風險管理系統中建立了稅務風險專職機構和人員崗位，有一定的稅務風險防控意識。但同時應看到，很多銀行應對稅務風險的方式基本是被動的、應急的和臨時的，缺乏系統化、制度化應對和控制稅務風險的機制。銀行的特殊性和復雜性使得稅務管理面臨更多的挑戰，仍然存在較大的改進空間。
稅收風險管理組織體系存在缺陷
稅務管理層級較低，未能有效參與企業經營決策全過程。銀行稅務管理部門從屬于財務部門，未設專職稅務總監，因此無法參與企業重大決策的全過程，稅務管理未納入全面風險管理的范疇，未定位于完善風險管理制度、實施風險識別和評估、提供風險管理建議、指導全行風險管理工作等職責。當管理目標出現沖突時可能無法將稅務合規控制作為首要任務。
比如，企業處置債券利息業務流程主要由金融市場部、清算中心及財務部門完成，在業務流程的收入確認等關鍵節點缺少稅務審核環節，導致企業發生債券處置收益營業稅風險。
稅務人員配備不足，稅務風險管理存在瓶頸。以經營規模最大的一家銀行為例：其總部僅配備專職稅務管理人員5人，全部成員單位專職稅務管理人員也僅為40人。應稅事務處理力量不足，導致銀行無法強有力地開展全集團的稅務風險管理。稅務人員的緊缺也導致了企業無法集中人力開展稅收政策、行業規范的收集和研究，導致涉稅理解偏差，進而產生系統性稅務風險。
協調機制不健全，涉稅管理縱向橫向溝通不暢。銀行在內部組織機構設置過程中未將稅務風險管理納入各部門的職責之中，全員參與的稅收遵從意識尚未建立，稅務管理部門與其他部門的溝通協調不夠順暢，未形成協同機制。
如在抵債資產業務上稅務管理部門未能及時、準確獲取風險管理部門的抵債房、地產信息，持有期間相應房產稅、土地使用稅納稅風險因此產生。
內部稅務風險控制機制不夠完善
稅務風險管理意識不夠強。銀行整體風險防控意識非常強，但主要偏重于對銀行經營風險和財務風險的防控，如信用風險、利率風險、操作風險和流動性風險，而對稅務風險的防控不夠重視，特別是企業董事會及下屬各職能委員會和企業管理層對于稅務管理重要性的認識缺乏關注，對稅務風險存在一定的容忍度，導致稅務合規方面的內控機制內容單薄。
業務流程涉稅控制制度不夠完善。針對重大稅務風險設計的管理職責和流程構造上有缺失。在非同業拆借業務上發生的重大系統性涉稅風險正是由于重大事項涉稅分析制度的缺失，未對“同業拆借”性質界定的變化可能引發的稅收風險做深入研究所導致的。另外，銀行對部分業務的涉稅處理未予以統一規范，各分行執行不一致，存在較大的涉稅風險。
稅務風險管理信息系統不夠完善。銀行大機系統稅務設置的準確性和執行有效性不足。如在系統內對某一稅種計提的應稅科目設置不完整、不準確，直接導致全行在某一項業務執行中該稅種計稅依據不足的風險。在印花稅的管理中，銀行沒有在大機系統設置自動計提規則，只是由營運管理部門記錄明細賬后由財務會計部門根據明細賬手工計提，由此可能產生相應稅種申報遺漏的風險。此外，部分信息系統未按稅法要求設置，導致部分計稅依據無法準確核算。
對稅收政策的系統梳理不夠
銀行由于對政策、法規變化的不敏感或不理解，對相關業務涉及的稅收政策、行業規范、管理制度等無法做到系統評估、部門聯動，重大涉稅問題隱患由此產生。
如2007年中國人民銀行頒布《同業拆借管理辦法》后，同業拆借的性質定義發生了變化，銀行未及時更新理解，導致少繳買入返售、賣出回購、債券質押拆出等設抵押品的同業往來印花稅。銀行對部分政策的執行僅以形式要件的滿足來適用政策規定，而忽視實質要件，相對激進的稅收籌劃容易產生普遍的稅務風險。
缺乏對業務創新涉稅風險的重視
銀行在大力拓展新業務的同時，蘊藏著不斷加大的稅務風險。雖然目前銀行仍以傳統業務獲取的存貸利差作為收入的主要來源，但通過分析年報不難發現：銀行發展基礎業務的同時，中間業務收入占比越來越大，如電子銀行、金融衍生工具、跨產品線和部門的一攬子金融服務方案、移動銀行服務和網上購物在線支付服務等。
這些金融產品和業務模式的創新會面臨許多新的稅收問題，涉及業務模式和產品的各個節點、參與方、路徑、流程和利益分配各環節。由于對金融產品的性質界定、收入成本費用的確認、與合作機構的利益分配不明確等原因，涉稅風險存在很大的不確定性。
