《財政部、國家稅務總局關(guān)于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）第六條第二款規(guī)定：“股權(quán)收購，收購企業(yè)購買的股權(quán)不低于被收購企業(yè)全部股權(quán)的75%，且收購企業(yè)在該股權(quán)收購發(fā)生時的股權(quán)支付金額不低于其交易支付總額的85%，收購企業(yè)取得被收購企業(yè)股權(quán)的計稅基礎，以被收購股權(quán)的原有計稅基礎確定”。
筆者認為，特殊重組下，收購企業(yè)取得被收購企業(yè)股權(quán)的計稅基礎，應當以其公允價值為基礎確定。如果以被收購股權(quán)的原有計稅基礎確定，勢必造成特殊重組與一般重組的最終結(jié)果不一致，從而導致特殊重組多納企業(yè)所得稅。分析如下：
根據(jù)《財政部、國家稅務總局關(guān)于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）對股權(quán)支付的定義，股權(quán)收購重組有兩種方式：
第一，以收購方本企業(yè)的股權(quán)作為對價收購目標公司（被收購方）的股權(quán)。這種重組方式從收購方的角度看，就是我們常說的發(fā)行股份、定向增發(fā)、接受投資。對轉(zhuǎn)讓方（被收購方的股東）來說，其實質(zhì)就是對外投資業(yè)務，即，以其持有的目標公司股權(quán)對收購方增資擴股。
例如，甲公司以本企業(yè)20％的股權(quán)（公允價6000萬元）作為對價，收購乙公司持有的M公司80％的股權(quán)（計稅基礎1000萬元，公允價值6000萬元）。按一般重組對待，乙公司應確認股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得5000萬元（6000-1000）。乙公司取得甲公司20%股權(quán)的計稅基礎為6000萬元。甲公司取得M公司80％的股權(quán)（屬于接受投資的非貨幣性資產(chǎn)）應按公允價值6000萬元作為計稅基礎。
由于上述股權(quán)收購業(yè)務符合特殊重組條件，乙公司可暫不確認股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得，相應地，乙公司取得甲公司股權(quán)的計稅基礎應以被收購股權(quán)的原有計稅基礎1000萬元確定。根據(jù)《財政部、國家稅務總局關(guān)于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）規(guī)定，甲公司取得M公司80％的股權(quán)也應以被收購股權(quán)的原有計稅基礎1000萬元確定，顯然，違背了改組稅收政策的中性原則。乙公司的納稅義務不變，只不過納稅義務得到遞延，而甲公司選擇特殊重組反而將取得股權(quán)的計稅基礎由6000萬元變?yōu)?000萬元，未來轉(zhuǎn)讓或處置股權(quán)時必然會多納企業(yè)所得稅。
第二，收購方以其控股公司的股權(quán)作為對價收購目標公司的股權(quán)，其實質(zhì)是股權(quán)置換行為，即收購方用控股公司的全部或部分股權(quán)與轉(zhuǎn)讓方持有的目標公司的股權(quán)相交換。
例如，甲公司以其持有的M公司85％的股權(quán)（計稅基礎1000萬元，公允價值6000萬元）作為對價，收購乙公司持有的N公司80％的股權(quán)（計稅基礎5500萬元，公允價值6000萬元）。因符合特殊重組條件，乙公司暫不確認股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得，乙公司取得M公司股權(quán)的計稅基礎按5500萬元確定。根據(jù)《財政部、國家稅務總局關(guān)于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）的規(guī)定，甲公司取得N公司股權(quán)的計稅基礎也應以被收購股權(quán)的原有計稅基礎5500萬元確定。
如果以乙公司作為收購方，甲公司作為被收購方，就會得到相反的結(jié)果。甲公司不確認股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得，甲公司取得N公司股權(quán)的計稅基礎按照1000萬元確定，根據(jù)《財政部、國家稅務總局關(guān)于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）的規(guī)定，乙公司取得M公司股權(quán)的計稅基礎按照被收購股權(quán)（M公司85%）的原有計稅基礎1000萬元確定。
同一個案例，從不同的角度居然出現(xiàn)兩個完全不同的結(jié)果，顯然不合理。在股權(quán)置換適用特殊重組政策時，股權(quán)置換的雙方取得股權(quán)的計稅基礎只能以換出股權(quán)的計稅基礎替代，才不至于導致特殊重組與一般重組產(chǎn)生的結(jié)果不一致。
評論：在2012年度企業(yè)所得稅匯算清繳中，企業(yè)要經(jīng)過關(guān)隘、規(guī)程、溝通三個關(guān)鍵點，統(tǒng)籌布控要害才能掌控全局，在國家精準打擊不遵從稅法行為，強化依法征管保稅收的大背景下，企業(yè)依法規(guī)范報備、審批，完善申報流程，及做好納稅差異調(diào)整，嚴格守法才能創(chuàng)造財務收益。面對稽查，講求事先對稅企爭議問題的依法有效溝通，作用必大于企業(yè)單方面的被動防范。
