首先，非同一控制下控股合并特殊性稅務處理重復征稅問題的研究，應當根據財稅[2009]59號文件和國家稅務總局2010年第4號公告公告的規定，分別一般性稅務處理和特殊性稅務處理兩種情況進行分析。
企業股權收購重組交易的一般性稅務處理規定如下：（1）被收購方（即被收購企業股東）應確認股權轉讓所得或損失；（2）收購方取得股權的計稅基礎應以公允價值為基礎確定；（3）被收購企業的相關所得稅事項原則上保持不變。
企業股權收購重組交易的特殊性稅務處理規定如下：（1）被收購企業的股東取得收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定；（2）收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定；（3）收購企業、被收購企業的原有各項資產和負債的計稅基礎和其他相關所得稅事項保持不變。
其次，非同一控制下控股合并特殊性稅務處理重復征稅問題的研究，應當根據《企業會計準則第20號——企業合并》（以下簡稱“企業合并準則”）的規定，分析非同一控制下控股合并的會計處理方法。
稅法所界定的股權收購相當于企業合并準則所界定的控股合并。根據企業合并準則的規定，購買方對于非同一控制下的控股合并應當采用購買法進行會計處理。購買法是從購買方的角度出發，購買方確定的企業合并成本是購買方在購買日為進行企業合并而支付的現金或非現金資產、發行或承擔的債務、發行的權益性證券等的公允價值與或有對價之和；購買方在企業合并中取得的被購買方各項可辨認資產和負債，應當在滿足資產和負債確認條件的情況下，于購買日作為合并財務報表中的資產和負債進行確認，并按照公允價值計量；對于被購買方在企業合并之前已經確認的商譽和遞延所得稅項目，購買方在對企業合并成本進行分配、確認在企業合并中取得可辨認資產和負債時不應予以考慮。在按照規定確定了企業合并中應予確認的各項可辨認資產和負債的公允價值后，其計稅基礎與賬面價值不同形成暫時性差異的，應當按照《企業會計準則第18號——所得稅》的規定確認相應的遞延所得稅資產或遞延所得稅負債；當企業合并成本大于購買方在企業合并中取得的被購買方可辨認凈資產公允價值份額的差額時，應當確認為商譽，并按規定進行減值測試；當企業合并成本小于購買方在企業合并中取得的被購買方可辨認凈資產公允價值份額的差額時，該差額為負商譽，但企業合并準則不允許將其確認為負商譽，而應當計入合并當期損益（營業外收入）。
例如，A公司以定向增發5000萬股普通股（面值為1元，市價為20元）作為合并對價，從甲公司手中取得B公司100%的股權，甲公司由此取得A公司100%的股權。甲公司對B公司長期股權投資的計稅基礎為6億元，B公司凈資產的賬面價值、可辨認凈資產的公允價值分別為6億元、10億元，經重組主導方甲公司協商，當事各方一致采取特殊性稅務處理或一般性稅務處理。
甲公司再將其取得的A公司100%的股權轉讓給D公司，轉讓價格為其公允價值10億元，當即收到銀行存款。A公司再將取得的B公司100%的股權轉讓給C公司，轉讓價格為其公允價值10億元，當即收到銀行存款。A公司在轉讓B公司100%的股權后就進行清算。
假定A公司、B公司、C公司、D公司和甲公司適用的所得稅稅率均為25%，各公司均按照凈利潤的10%提取法定盈余公積，預計各公司在未來期間內能夠產生足夠的應納稅所得額，不考慮企業所得稅以外的其他相關稅費。
解析：
1.購買方A公司的會計與稅務處理
對于非同一控制下的控股合并，一方面，購買方應當根據企業合并準則的規定，于購買日采用購買法確定對被購買方的長期股權投資的賬面價值（初始投資成本）；另一方面，購買方應當根據財稅[2009]59號文件的規定，區分不同條件分別采取一般性稅務處理和特殊性稅務處理進行稅務處理，確定對被購買方的長期股權投資的計稅基礎。但是，購買方對長期股權投資的賬面價值與計稅基礎不同而產生的暫時性差異是否需要確認相關的遞延所得稅，主要取決于購買方管理層對該項長期股權投資的持有意圖。
（1）A公司收購B公司股權時
A公司從甲公司手中收購B公司股權的賬務處理如下：
借：長期股權投資——B司 1000000000
貸：股本——甲公司 50000000
資本公積 950000000.
在股權收購的當事各方均采取一般性稅務處理的情況下，A公司收購B公司股權的賬面價值和計稅基礎均為10億元，產生暫時性差異0（10－10）。因此，A公司無需進行納稅調整，無需繳納所得稅。
在股權收購的當事各方均采取特殊性稅務處理的情況下，A公司收購B公司股權的計稅基礎為被收購股權的原有計稅基礎6億元，產生應納稅暫時性差異4億元（10-6）。由于該項應納稅暫時性差異4億元屬于其他暫時性差異，因此無需進行納稅調整。但是，A公司是否需要對該項長期股權投資產生的應納稅暫時性差異確認遞延所得稅負債，主要取決于A公司管理層對該項長期股權投資的持有意圖。
如果A公司管理層意圖長期持有該項長期股權投資，則A公司無需確認與該項長期股權投資應納稅暫時性差異相關的遞延所得稅負債；如果A公司管理層意圖在未來轉讓或者處置該項長期股權投資，則A公司應當確認與該項長期股權投資應納稅暫時性差異相關的遞延所得稅負債。賬務處理如下：
借：資本公積 100000000
貸：遞延所得稅負債 100000000（400000000×25%）。
（2）A公司轉讓B公司股權時
A公司轉讓B公司股權給C公司的賬務處理如下：
借：銀行存款 1000000000
貸：長期股權投資——B公司 1000000000.
在會計處理上，A公司轉讓B公司股權不產生投資收益。
在股權收購的當事各方均采取一般性稅務處理的情況下，A公司轉讓B公司股權的公允價值與計稅基礎均為10億元，不產生股權轉讓所得。因此，A公司在計算應納稅所得額時，無需進行納稅調整，也無需繳納所得稅。
在股權收購的當事各方均采取特殊性稅務處理的情況下，A公司轉讓B公司股權的公允價值為10億元，而計稅基礎為6億元，產生股權轉讓所得4億元（10-6）。因此，A公司在計算應納稅所得額時，應當在利潤總額的基礎上調增轉回的應納稅暫時性差異4億元，繳納所得稅1億元。同時，A公司在轉讓B公司股權時，應當轉回原已確認的與該項長期股權投資應納稅暫時性差異相關的遞延所得稅負債。賬務處理如下：
借：所得稅費用100000000（400000000×25%）
貸：應交稅費——應交所得稅 100000000
借：遞延所得稅負債 100000000
貸：資本公積 100000000（400000000×25%）。
從上述分析可以得出如下結論：
（1）在股權收購的當事各方均采取一般性稅務處理的情況下，A公司通過收購和轉讓B公司股權后的凈資產賬面價值為10億元，其中股本0.5億元、資本公積9.5億元。
（2）在股權收購的當事各方均采取特殊性稅務處理的情況下，A公司通過收購和轉讓B公司股權后的凈資產賬面價值為9億元，其中股本0.5億元、資本公積9.5億元（9.5-1+1）、未分配利潤-1億元。
A公司通過收購和轉讓B公司股權，采取特殊性稅務處理比采取一般性稅務處理多繳納所得稅1億元，因而導致A公司凈資產的賬面價值減少1億元。
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? 2.被購買方甲公司的會計與稅務處理
由于被購買方只是控股合并中購買方與被購買方股東之間進行交易的載體，因此在非同一控制下的控股合并中，股權收購的當事各方無論是采取一般性稅務處理還是采取特殊性稅務處理，被購買方的相關所得稅事項應當保持不變，會計上也僅需進行實收資本（或股本）的內部結轉。也就是說，無論是A公司從甲公司手中收購甲公司股權，還是A公司轉讓甲公司股權給C公司，作為被購買方的甲公司僅是股東變更，注冊資本和股本并沒有發生增減變動，甲公司只需進行股本的內部結轉，無需進行其他會計處理和稅務處理。
（1）A公司收購甲公司股權時
A公司從甲公司手中收購甲公司股權時，甲公司的賬務處理如下：
借：股本——甲公司 600000000
貸：股本——A公司 600000000.
（2）A公司轉讓甲公司股權時
A公司轉讓甲公司股權給C公司的賬務處理如下：
借：股本——A公司 600000000
貸：股本——C公司 600000000.
3.被合并方的股東甲公司的會計與稅務處理
在會計處理上，被購買方的股東在非同一控制下的控股合并中應當作為處置長期股權投資處理。即被購買方的股東在處置長期股權投資時，應當相應結轉與所售股權相對應的長期股權投資的賬面價值；出售所得價款與處置長期股權投資賬面價值之間的差額，應當確認為處置損益（計入當期投資損益）。采用權益法核算的長期股權投資，原計入資本公積中的金額和與長期股權投資相關的遞延所得稅在處置時也應當一并結轉，將原計入資本公積中的金額與所出售股權相對應的部分在處置時自資本公積轉入當期投資損益，將與長期股權投資相關的遞延所得稅與所出售股權相對應的部分在處置時自遞延所得稅轉入當期損益（投資損益或所得稅費用）。
在稅務處理上，被購買方的股東在非同一控制下的控股合并中應當分別采取一般性稅務處理和特殊性稅務處理兩種情況進行處理，即如果股權收購的當事各方均采取一般性稅務處理，被購買方的股東應當確認股權轉讓所得或損失，對確認的股權轉讓所得應當全額繳納所得稅；如果股權收購的當事各方均采取特殊性稅務處理，則被購買方的股東無需確認股權轉讓所得或損失。
（1）甲公司轉讓甲公司股權時
甲公司轉讓甲公司股權給A公司的賬務處理如下：
借：長期股權投資——A公司 1000000000
貸：長期股權投資——甲公司 600000000
投資收益 400000000.
在股權收購的當事各方均采取一般性稅務處理的情況下，甲公司取得A公司股權的計稅基礎為甲公司支付對價的公允價值10億元，暫時性差異為0（10－10）。因此，甲公司對因處置甲公司股權而確認的投資收益4億元屬于股權轉讓所得，無需進行納稅調整，正常納稅。賬務處理如下：
借：所得稅費用 100000000（400000000×25%）
貸：應交稅費——應交所得稅 100000000.
在股權收購的當事各方均采取特殊性稅務處理的情況下，甲公司取得A公司股權的計稅基礎為被收購股權的原有計稅基礎6億元，產生應納稅暫時性差異4億元（10－6）。因此，甲公司在計算應納稅所得額時，應當在利潤總額的基礎上調減產生的應納稅暫時性差異4億元，即甲公司在轉讓甲公司股權中產生的投資收益4億元不應計入當年度應納稅所得額，當年度無需繳納所得稅。但是，甲公司是否需要對取得的對A公司長期股權投資產生的應納稅暫時性差異確認遞延所得稅負債，主要取決于甲公司管理層對該項長期股權投資的持有意圖。
如果甲公司管理層意圖長期持有該項長期股權投資，則甲公司無需確認與該項長期股權投資應納稅暫時性差異相關的遞延所得稅負債；如果甲公司管理層意圖在未來轉讓或者處置該項長期股權投資，則甲公司應當確認與該項長期股權投資應納稅暫時性差異相關的遞延所得稅負債。其賬務處理如下：
借：所得稅費用 100000000（400000000×25%）
貸：遞延所得稅負債 100000000.
（2）甲公司轉讓A公司股權時
甲公司轉讓A公司股權給D公司的賬務處理如下：
借：銀行存款 1000000000
貸：長期股權投資——A公司 1000000000.
在會計處理上，甲公司轉讓A公司股權不產生投資收益。
在股權收購的當事各方均采取一般性稅務處理的情況下，甲公司轉讓A公司股權的公允價值與計稅基礎均為10億元，不產生股權轉讓所得。因此，甲公司在計算應納稅所得額時，既無需進行納稅調整，又無需繳納所得稅。
在股權收購的當事各方均采取特殊性稅務處理的情況下，甲公司轉讓A公司股權的公允價值為10億元，計稅基礎為6億元，產生股權轉讓所得4億元。因此，甲公司在計算應納稅所得額時，應當在利潤總額的基礎上調增轉回的應納稅暫時性差異4億元，繳納所得稅1億元。同時，甲公司在轉讓A公司股權時，應當轉回原已確認的與該項長期股權投資應納稅暫時性差異相關的遞延所得稅負債。其賬務處理如下：
借：所得稅費用 100000000（400000000×25%）
貸：應交稅費——應交所得稅 100000000
借：遞延所得稅負債 100000000
貸：所得稅費用 100000000（400000000×25%）。
4.A公司清算時的會計與稅務處理
如上文所述，在股權收購的當事各方均采取一般性稅務處理的情況下，A公司進行清算時的凈資產賬面價值為10億元。D公司從A公司分得的剩余資產為10億元，其中無股息所得，而投資成本為10億元，應確認的投資轉讓所得為0（10―10），無需繳納所得稅。
在股權收購的當事各方均采取特殊性稅務處理的情況下，A公司進行清算時的凈資產賬面價值為9億元。D公司從A公司分得的剩余資產為9億元，無股息所得，而投資成本為10億元，應確認的投資轉讓所得為-1億元（9－10），該項投資轉讓損失1億元留待D公司從當年或者未來年度應納稅所得額中彌補。
A公司的清算與B公司和甲公司均無關，無需進行任何會計處理和稅務處理。
綜上所述，在非同一控制下的控股合并中，如果股權收購的當事各方均采取一般性稅務處理，則只有在甲公司轉讓甲公司股權時需要繳納所得稅1億元，各公司繳納的所得稅之和為1億元；如果股權收購的當事各方均采取特殊性稅務處理，則A公司在轉讓甲公司股權時需要繳納所得稅1億元，甲公司在轉讓A公司股權時需要繳納所得稅1億元，D公司對A公司在清算時產生的投資轉讓損失1億元可以在當年度或者未來年度應納稅所得額中彌補，抵繳所得稅0.25億元，各公司繳納的所得稅之和為1.75億元。本例中，股權收購的當事各方采取特殊性稅務處理在非同一控制下的控股合并中因收購和轉讓股權而多繳納所得稅0.75億元。
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