《財政部、國家稅務總局關于在全國開展交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點稅收政策的通知》（財稅[2013]37號）和《財政部、國家稅務總局關于重新印發〈總分機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法〉的通知》（財稅[2013]74號）規定，符合條件的總分支機構不在同一縣（市）的試點納稅人可以依照《總分機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法》由總機構合并向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。那么，如何計算繳納呢？筆者認為應該注意以下幾點。
第一，按照財稅[2013]37號通知附件1《交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點實施辦法》第四十二條規定：“總機構和分支機構不在同一縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅；經財政部和國家稅務總局或者其授權的財政和稅務機關批準，可以由總機構合并向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅?！钡牵壳爸挥小?/FONT>財政部、國家稅務總局關于部分航空運輸企業總分機構增值稅計算繳納問題的通知》（財稅[2013]86號）公布了經批準的中國國際航空股份有限公司等22家總機構和中國國際航空股份有限公司公務機分公司等158家分支機構名單，并明確這批“營改增”航空運輸企業分支機構的增值稅預征率均為1%，其應繳納的增值稅可以依照《總分機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法》由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報繳納，其他總分機構不在同一縣（市）的，在沒有得到批準前還應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅。也就是說，只有經財政部和國家稅務總局批準后，其總分機構試點納稅人才能按照《總分機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法》計算繳納增值稅。
第二，《總分支機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法》僅適用于“營改增”試點納稅人從事隨財稅[2013]37號附件1印發的《應稅服務范圍注釋》所列業務應繳的增值稅，總分支機構銷售貨物、提供加工修理修配勞務，仍需按照增值稅暫行條例及相關規定就地申報繳納增值稅。即：總機構和分支機構均應分別核算從事《應稅服務范圍注釋》所列業務與從事銷售貨物、提供加工修理修配勞務發生的銷售額、銷項稅額、進項稅額以及應納稅額、已納或預交（預征）稅額，在核算上二者不得混淆。
第三，在平時計算繳納增值稅時，總機構應當匯總計算總機構及其分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務的應繳增值稅，抵減分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務已繳納的增值稅稅款（包括預繳和補繳的增值稅稅款，下同）后，在總機構所在地解繳入庫。相關項目的計算方法為：
1.總機構匯總的應征增值稅銷售額，為總機構及其分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務的應征增值稅銷售額的合計數。
2.總機構匯總的銷項稅額，按照總機構匯總的應征增值稅銷售額合計數和增值稅適用稅率計算。
3.總機構匯總的進項稅額，為總機構及其分支機構因發生《應稅服務范圍注釋》所列業務而購進貨物或者接受加工修理修配勞務和應稅服務，支付或者負擔的增值稅稅額合計。即匯總的進項稅額不包括總機構及其分支機構用于發生《應稅服務范圍注釋》所列業務之外的進項稅額。
4.總機構匯總應繳納的增值稅為匯總的銷項稅額－匯總的進項稅額－分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務已繳納的增值稅稅款。
第四，分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務，按照應征增值稅銷售額和預征率計算繳納增值稅。計算公式為：應預繳的增值稅＝應征增值稅銷售額×預征率。
第五，分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務當期已預繳的增值稅稅款，在總機構匯總的當期增值稅應納稅額中抵減不完的，可以結轉下期繼續抵減。
第六，每年的第一個納稅申報期結束后，對上一年度總分機構匯總納稅情況進行清算?？倷C構和分支機構年度清算應交增值稅，按照各自銷售收入占比和總機構匯總的上一年度應交增值稅稅額計算。分支機構預繳的增值稅超過其年度清算應交增值稅的，通過暫停以后納稅申報期預繳增值稅的方式予以解決。分支機構預繳的增值稅小于其年度清算應交增值稅的，差額部分在以后納稅申報期由分支機構在預繳增值稅時一并就地補繳入庫。
例如：某航空公司“營改增”試點納稅人分支機構的增值稅預征率為1%，總分支機構2013年8月~12月發生《應稅服務范圍注釋》所列業務相關賬戶核算結果分別為：總機構自身發生不含稅收入5000萬元，實現銷項稅額450萬元，支付進項稅額400萬元，實現應納稅額50萬元；所屬分公司發生不含稅收入3000萬元，實現銷項稅額250萬元，支付進項稅額150萬元，實現應納稅額100萬元，但按1%的預征率預繳增值稅30萬元；總機構連同分支機構匯總后在8月~12月實際繳納增值稅120萬元。則按照《總分機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法》中規定的清算辦法，年終清算時確定總機構應繳納增值稅為5000×（50＋100）÷（5000＋3000）＝93.75（萬元），比平時按匯總繳納辦法實際繳納的增值稅少120－93.75＝26.25（萬元）；確定所屬分支機構應繳納增值稅為3000×（50＋100）÷（5000＋3000）＝56.25（萬元），比平時按預繳辦法實際繳納的增值稅多56.25－30＝26.25（萬元），可在2014年度少預繳增值稅26.25萬元。
事實上，按照《總分支機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法》要求，總分機構試點納稅人除了需要將應稅服務與銷售貨物、提供加工修理修配勞務的銷售額、銷項稅額、進項稅額以及應納稅額、已納或預交（預征）稅額進行分別核算外，還應當將應稅服務按適用的不同適用稅率（17%、11%、6%和3%征收率）分別核算其銷售額、銷項稅額、進項稅額以及應納稅額、已納或預交（預征）稅額，然后，再由總機構匯總計算應稅服務應繳納的增值稅稅額，這是增值稅實施條例及細則對納稅人兼營不同稅率產品或項目作出的特別規定，否則將按最高適用稅率征稅。 |
