居民企業的非居民企業股東轉讓其在居民企業的股權可歸納為以下三種基本模式。
模式一是境外的非居民企業A將其直接持有的境內居民企業B的股權轉讓給境內居民企業C.
模式二是企業A將企業B的股權轉讓給另一家境外非居民企業C.模式二與模式一的差異可能會影響到企業B的外商投資企業地位，從而涉及到企業B某些特定政策（不限于稅收政策）的適用，因此企業A轉讓股權的交易對手是選擇居民企業還是非居民企業需要綜合考慮。
模式三屬于非居民企業A間接轉讓居民企業B股權的情形。非居民企業A通過子公司非居民企業D間接持有居民企業B的股權。出于某種需要，企業B的股權被轉讓，此時可以選擇由企業D轉讓其持有的企業B的股權，這種情形可歸屬到上文的模式一或模式二；也可以選擇由企業A把企業D的股權轉讓給另一家非居民企業C，企業D和企業B的股權關系不變，企業B的實際控制人發生改變從而間接轉讓企業B.這種方式對我國企業所得稅管理的影響是：交易的發生和交易雙方都在境外，境內居民企業B不需要做股東變更登記。因此，我國稅務機關難以及時獲取交易信息，避稅、逃稅的操作空間大，是目前我國稅務機關最關注的非居民企業轉讓股權的模式。
二、非居民企業股東轉讓股權的國內法規定
《企業所得稅法》第三條第2款規定，在中國境內未設立機構、場所的非居民企業應當就其來源于中國境內的所得繳納企業所得稅。《企業所得稅法實施條例》第七條第（三）項規定，權益性投資資產轉讓所得的來源地按照被投資企業所在地確定，即如果被投資企業所在地在中國境內，那么無論股權轉讓的任意一方，是否是中國的居民企業，中國均有征稅權。依據上述規定，中國對模式一、模式二中的非居民企業A轉讓居民企業B股權的所得具有征稅權，無論企業C是否為中國居民企業。對模式三，中國對企業A沒有征稅權，除非該轉讓沒有合理的商業目的、規避企業所得稅納稅義務。這一點在《國家稅務總局關于加強非居民企業股權轉讓所得企業所得稅管理的通知》（國稅[2009]698號，簡稱“698號文”）、《國家稅務總局關于非居民企業所得稅管理若干問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第24號，簡稱“24號公告”）中均有體現。
698號文和24號公告對非居民企業股權轉讓所得的管理作了進一步規定，包括下述三個方面的內容：
（一）非居民企業直接轉讓中國境內居民企業股權（模式一、模式二）的納稅義務發生時間、股權轉讓所得的計算公式、匯率折算和非居民企業的納稅申報義務，（二）非居民企業以重組方式實現股權的直接轉讓，其取得的股權轉讓所得若擬取得特殊性稅務處理的待遇，應向主管稅務機關提交書面備案資料，證明其符合特殊性重組規定的條件，并經省級稅務機關核準；（三）非居民企業間接轉讓中國境內居民企業股權（模式三）的，被轉讓的境外控股公司所在國（地區）對該股權轉讓所得的實際稅負低于12.5%或者對其居民境外股權轉讓所得不征所得稅的，應自股權轉讓合同簽訂之日起30日內，向被問接轉讓股權的中國居民企業所在地主管稅務機關提供資料證明該項交易的合理商業目的。
三、非居民企業股東轉讓股權的稅收協定規定
目前，中國已經簽訂近100個避免雙重征稅和防止偷、逃稅的雙邊稅收協定或安排，因此非居民企業股東轉讓股權的稅收處理難免涉及有關稅收協定的內容。
股權轉讓所得屬于協定中“財產收益”，筆者對之大致總結如下。
（一）轉讓一個公司財產股份的股票取得的收益，該公司的財產又主要直接或者間接由位于締約國一方的不動產所組成，可以在該締約國一方征稅。
1.對“主要”的認定。在中國一墨西哥協定解釋（國稅函[2007]131號）、中國一新加坡協定（國稅函[2007]790號）的規定是50%（不含）以上。
2.國家稅務總局對持股時間的規定是“在股份持有人轉讓公司股份之前三年內，該公司財產至少百分之五十曾經為不動產”。中國一新加坡協定解釋（國稅發[2010]75號）明確，持股時間是股份被轉讓之前三年內任一時間。
3.間接持股比例的計算。國稅發[2010]75號文規定，新加坡居民在轉讓其在中國公司中的股份取得轉讓收益，上述中國公司又參股其他中國公司，并且其參股的其他中國公司的財產價值主要由在中國的不動產組成，則該被參股的中國公司的財產價值中一部分（按參股比例計算）應屬于前面提及的中國公司，在計算被轉讓股份公司的財產價值時，應將后一個被控股公司的不動產價值按參股比例計算的歸屬部分一并考慮，視該被轉讓股份的中國居民公司的財產價值的不動產比例是否達到50%.例如新加坡居民公司甲擁有中國居民公司乙20%的股份，公司乙的財產價值為100（單位略），其中不動產價值為40.如果該公司乙又持有中國居民公司丙80%的股份，如公司丙的財產價值為100，其中不動產價值為90，則在處理依本款規定享受協定待遇計算公司乙的財產價值時，應將公司丙財產價值的80%計算在內，即公司乙直接或間接擁有的財產價值為：100+100×80%=180，其中不動產價值為：40+90×80%=112，不動產價值比例為62%.上述例舉以剔除公司乙和公司丙之間內部交易影響后的數額為前提。因此，當新加坡居民公司甲轉讓中國居民公司乙的股份時，由于該中國公司乙的財產價值中50%以上的價值直接或間接來自于中國的不動產，根據協定規定，對此項轉讓收益中國擁有征稅權。
需要強調的是，新加坡居民公司甲轉讓的是中國居民公司乙的股權。如果新加坡居民公司甲轉讓的是“非”中國居民公司乙的股權，其他情況同上。此時，中國是否征稅取決于公司乙股權轉讓是否出于避稅目的，可按本文第二部分的規定處理，但有可能會導致有關國家稅務機構之間的國際磋商。
另外，對于沒有明確前述三個問題的稅收協定或安排，國稅發[2010]75號文規定，我國對外所簽協定有關條款規定與中新協定條款規定內容一致的，中新協定條文解釋規定同樣適用于其他協定相同條款的解釋及執行。
（二）其它股權轉讓
1.轉讓者居住國獨享征稅權。如中國一埃塞俄比亞稅收協定（國稅函[2009]284號），此類約定在中國簽訂的稅收協定中較為普遍。
2.所得來源國獨享征稅權。如中國一墨西哥稅收協定（國稅函[2005]1045號）及其解釋（國稅函[2007]131號）規定：轉讓中國（或墨西哥）一方居民公司的股票（權益）取得收益，不論其控股比例大小，中國（或墨西哥）均擁有征稅權。
3.在一定條件下，所得來源國享有征稅權。如中國一芬蘭稅收協定（國稅函[2010]255號）規定：締約國一方居民轉讓其在締約國另一方居民公司的股份取得的收益，如果取得該收益的人在轉讓行為前的十二個月內，曾經直接或間接參與擁有該公司至少25%的資本，可以在該締約國另一方征稅。這是中國對外簽訂稅收協定中最普遍的規定，因為它兼顧了締約雙方的利益。
4.征稅權不確定。如中國一巴西稅收協定規定，股權轉讓所得可以在締約國雙方征稅。
四、非居民企業股東轉讓股權所得的申報與協定待遇的取得
1.所得稅申報。依據《企業所得稅法》第三十七條的規定，非居民企業股東轉讓股權所得采取源泉扣繳方式繳納企業所得稅，以支付人為扣繳義務人。《非居民企業所得稅源泉扣繳管理暫行辦法》（國稅發[2009]3號）進行了細化規定，扣繳義務人每次代扣代繳稅款時，應當向其主管稅務機關報送《扣繳企業所得稅報告表》及相關資料，并自代扣之日起7日內繳入國庫。對多次付款的合同項目，扣繳義務人應當在履行合同最后一次付款前15日內，向主管稅務機關報送合同全部付款明細、前期扣繳表和完稅憑證等資料，辦理扣繳稅款清算手續。
對于股權轉讓交易雙方為非居民企業且在境外交易的，即模式二，國稅發[2009]3號文規定，由取得所得的非居民企業自行或委托代理人向被轉讓股權的境內企業所在地主管稅務機關申報納稅。被轉讓股權的境內企業應協助稅務機關向非居民企業征繳稅款。
國稅發[2009]3號文對交易有關各方的信息報告要求。扣繳義務人與非居民企業首次簽訂與3號文所得有關的業務合同或協議的，扣繳義務人應當自合同簽訂之日起30日內，向其主管稅務機關申報辦理扣繳稅款登記。
扣繳義務人每次與非居民企業簽訂與3號文規定的所得有關的業務合同時，應當自簽訂合同（包括修改、補充、延期合同）之日起30日內，向其主管稅務機關報送《扣繳企業所得稅合同備案登記表》、合同復印件及相關資料。
股權轉讓交易雙方均為非居民企業且在境外交易的，被轉讓股權的境內企業在依法變更稅務登記時，應將股權轉讓合同復印件報送主管稅務機關。
2.協定待遇的取得。非居民企業股東不是自動獲得，非居民企業應根據《非居民享受稅收協定待遇管理辦法（試行）》的通知（國稅發[2009]124號）及補充通知（國稅函[2010]290號）的規定，向主管稅務機關或者有權審批的稅務機關提出享受稅收協定待遇審批申請。
凡未辦理審批手續的，不得享受有關稅收協定待遇。在中國發生納稅義務的非居民可享受但未曾享受稅收協定待遇，且因未享受該本可享受的稅收協定待遇而多繳稅款的，可自結算繳納該多繳稅教之日起三年內向主管稅務機關提出追補享受稅收協定待遇的申請并按規定補辦手續，經主管稅務機關核準后追補享受稅收協定待遇，退還多繳的稅款，退稅款屬于《征管法實施細則》第七十八條第二款規定的減免退稅，不退還利息，超過前述規定時限的申請，主管稅務機關不予受理。
