分支機構通常是總公司異地經營為減少管理成本而設立的營業分部，是特殊的企業組織形式。分支機構作為總公司的一部分，與總公司屬于同一個法律主體。本文將總分支機構涉及的增值稅、消費稅、企業所得稅、印花稅等常見問題匯總如下，供實務中參考。
1、“營改增”后，總分機構提供應稅服務，增值稅如何匯總繳納？
答：《財政部、國家稅務總局關于重新印發<總分機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法>的通知》（財稅[2013]74號）規定，經財政部和國家稅務總局批準的總機構試點納稅人及其分支機構可以匯總繳納增值稅。總機構匯總計算總機構及其分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務的應交增值稅，抵減分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務已繳納的增值稅稅款（包括預繳和補繳的增值稅稅款）后，在總機構所在地解繳入庫。其中，總機構匯總計算的應交增值稅=總分機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務的應稅銷售額×適用稅率-總分機構因發生《應稅服務范圍注釋》所列業務而購進貨物或者接受加工修理修配勞務和應稅服務所支付或者負擔的增值稅稅額；分支機構預繳的增值稅＝分支機構提供《應稅服務范圍注釋》所列業務應征的增值稅銷售額×預征率。預征率由財政部和國家稅務總局規定，并適時予以調整。
每年的第一個納稅申報期結束后，對上一年度總分機構匯總納稅情況進行清算。總機構和分支機構年度清算應交增值稅，按照各自銷售收入占比和總機構匯總的上一年度應交增值稅稅額計算。分支機構預繳的增值稅超過其年度清算應交增值稅的，通過暫停以后納稅申報期預繳增值稅的方式予以解決。分支機構預繳的增值稅小于其年度清算應交增值稅的，差額部分在以后納稅申報期由分支機構在預繳增值稅時一并就地補繳入庫。
2、總分機構提供應稅服務的同時，另有銷售貨物業務的，增值稅如何匯總繳納？
答：經批準匯總繳納增值稅的試點企業，對于營改增應稅服務部分的增值稅，按上問匯總計算并繳納。對于總分機構銷售貨物應繳納的增值稅，按照增值稅暫行條例及相關規定就地申報繳納。
3、總分機構業務范圍涉及銷售貨物、提供加工修理、修配勞務的，其增值稅又如何匯總繳納？
答：根據《增值稅暫行條例》第二十二條第（一）項規定，固定業戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同一縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅；經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。《財政部、國家稅務總局關于固定業戶總分支機構增值稅匯總納稅有關政策的通知》（財稅[2012]9號）進一步明確，固定業戶的總分支機構不在同一縣（市），但在同一省（區、市）范圍內的，經省（區、市）財政廳（局）、國家稅務局審批同意，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報繳納增值稅。此時，分支機構不需就地預繳，直接由總機構匯總繳納，分支機構銷售及采購貨物時，仍以自己的名義開具或取得增值稅專用發票。
問：如何理解《財政部、國家稅務總局關于固定業戶總分支機構增值稅匯總納稅有關政策的通知》（財稅[2012]9號）規定中“固定業戶”的含義？
答：有關固定業戶的界定稅法沒有明確。根據《稅收征收管理法》及其實施細則有關稅務登記的相關規定，對于向稅務機關申報辦理了稅務登記的企業，企業在外地設立的分支機構和從事生產、經營的場所，個體工商戶和從事生產、經營的事業單位應界定為固定業戶；對未按照規定辦理稅務登記的從事生產、經營的納稅人以及臨時從事經營的納稅人（即沒有向稅務機關申報辦理稅務登記、尚未納入稅務機關管理的）不屬于固定業戶。判斷的標準在于是否向稅務機關申報辦理了稅務登記。
《財政部、國家稅務總局關于固定業戶總分支機構增值稅匯總納稅有關政策的通知》（財稅[2012]9號）是對《增值稅暫行條例》第二十二條第一項“總機構和分支機構不在同一縣（市）的，經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。”的進一步明確。主要是明確固定業戶的總分支機構不在同一縣（市），但在同一省（區、市）范圍內申請由總機構匯總繳納增值稅的審批權是省（區、市）財政廳（局）、國家稅務局。》》
4、如何理解不在同一縣（市）的總分機構之間商品調撥用于銷售需要視同銷售繳納增值稅？
答：《增值稅暫行條例實施細則》第四條規定，設有兩個以上機構并實行統一核算的納稅人，將貨物從一個機構移送其他機構用于銷售需視同銷售，但相關機構設在同一縣（市）的除外。因此，不在同一縣市的總分公司之間調撥商品用于銷售應當在發貨的當天開具專用發票，繳納增值稅。如果總分機構之間的商品調撥不是用于銷售，則不需繳納增值稅。
《國家稅務總局關于企業所屬機構間移送貨物征收增值稅問題的通知》（國稅發[1998]137號）解釋：所謂“用于銷售”，是指受貨機構發生以下情形之一的經營行為：
（1）向購貨方開具發票；
（2）向購貨方收取貨款。受貨機構的貨物移送行為有上述兩項情形之一的，應當向所在地稅務機關繳納增值稅；未發生上述兩項情形的，則應由總機構統一繳納增值稅。如果受貨機構只就部分貨物向購買方開具發票或收取貨款，則應當區別不同情況計算并分別向總機構所在地或分支機構所在地繳納稅款。
《國家稅務總局關于納稅人以資金結算網絡方式收取貨款增值稅納稅地點問題的通知》（國稅函[2002]802號）補充規定，納稅人以總機構的名義在各地開立賬戶，通過資金結算網絡在各地向購貨方收取銷貨款，由總機構直接向購貨方開具發票的行為，不具備《國家稅務總局關于企業所屬機構間移送貨物征收增值稅問題的通知》規定的受貨機構向購貨方開具發票、向購貨方收取貨款兩種情形之一，其取得的應稅收入應當在總機構所在地繳納增值稅。
需要注意的是，如果將分支機構僅作為貨物的存放地，由總機構給客戶開票并收款，則總機構發貨至異地倉庫時，不征增值稅，而應由總公司開票時繳納增值稅。
5、對于較常見的連鎖經營企業，如果以總分機構形式存在，是否可以匯總納稅？
答：對跨地區經營的直營連鎖企業，即連鎖店的門店均由總部全資或控股開設，在總部領導下統一經營的連鎖企業，凡按照《國內貿易部關于印發〈連鎖店經營管理規范意見〉的通知》（內貿政體法字[1997]第24號）的要求，采取微機聯網，實行統一采購配送商品，統一核算，統一規范化管理和經營，并符合《財政部、國家稅務總局關于連鎖經營企業增值稅納稅地點問題的通知》（財稅字[1997]97號）相關條件的，可對總店和分店實行由總店向其所在地主管稅務機關統一申報繳納增值稅。
但對于自愿連鎖企業、即連鎖店的門店均為獨立法人，各自的資產所有權不變的連鎖企業和特許連鎖企業，即連鎖店的門店同總部簽訂合同，取得使用總部商標、商號、經營技術及銷售總部開發商品的特許權的連鎖企業，其納稅地點不變，仍由各獨立核算門店分別向所在地主管稅務機關申報繳納增值稅。
6、總分支機構企業所得稅匯總納稅的政策依據是什么？
答：企業所得稅以法人為單位統一計算。居民企業在中國境內跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市）設立不具有法人資格分支機構的，該居民企業所得稅實行匯總納稅辦法，具體操作辦法按照《國家稅務總局關于印發<跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號）的有關規定執行。
居民企業在中國境內沒有跨地區設立不具有法人資格分支機構，僅在同一省、自治區、直轄市和計劃單列市（以下稱同一地區）內設立不具有法人資格分支機構的，其企業所得稅征收管理辦法，由各省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局、地方稅務局參照本辦法聯合制定。
居民企業在中國境內既跨地區設立不具有法人資格分支機構，又在同一地區內設立不具有法人資格分支機構的，其企業所得稅征收管理實行按《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》執地。
7、匯總納稅的跨省市總分機構如何分攤計算繳納企業所得稅？
答：總機構分攤稅款=匯總納稅企業當期應納所得稅額×50％
所有分支機構分攤稅款總額=匯總納稅企業當期應納所得稅額×50％
某分支機構分攤稅款=所有分支機構分攤稅款總額×該分支機構分攤比例
某分支機構分攤比例=（該分支機構營業收入／各分支機構營業收入之和）×0.35（該分支機構職工薪酬／各分支機構職工薪酬之和）×0.35（該分支機構資產總額／各分支機構資產總額之和）×0.30
上式中資產總額包含無形資產。
