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所謂合理避稅的目的也就是在合法的范圍內用合規的方式合理的降低企業稅收成本，在土地增值稅上，通常企業主要從兩方面入手，一是扣除項目，想辦法降低日常發生的各項支出，包括稅金；二是收入。
計算增值額的扣除項目主要包括：1、取得土地使用權所支付的金額。（1）以出讓方式取得土地使用權時，為支付的土地出讓金；（2）以行政劃撥方式取得土地使用權的，為轉讓土地使用權時按規定補繳的土地出讓金；（3）以轉讓方式取得土地使用權的，為支付的地價款。2、開發土地和新建房及配套設施的成本費用。（1）土地征用及拆遷補償費；（2）前期工程費；（3）、建筑安裝工程費；（4）、基礎設施費；（5）、公共配套設施費；（6）、開發間接費：直接組織、管理開發項目所發生的費用，包括工資、福利費、折舊費、修理費、辦公費、水電費、勞動保護費等等。（7）與房地產開發項目有關的管理費用、銷售費用、財務費用。3、轉讓房地產有關的稅金。主要有：營業稅、印花稅、城建稅、教育費附加。4、財政部確定的其他扣除項目。從事房地產開發的納稅人允許按取得土地使用權時所支付的金額和房地產開發成本之和，加計20％扣除。5、舊房及建筑物的評估價格。
股權轉讓成企業“合理避稅”法門
在實際操作中，企業通常會利用扣除項目及優惠政策進行避稅。按照稅法規定，納稅人建造普通標準住宅出售，增值額未超過扣除項目金額的20％的，免征土地增值稅；增值額超過扣除項目金額20％的，應就其全部增值額按規定計稅。根據20％這個比率，企業可以對此進行納稅籌劃。首先要測算增值率（增值額與允許扣除項目金額的比率），然后設法調整增值率。改變增值率的方法有兩種：一是合理定價，如在銷售過程中增值率略高于兩極稅率檔次交界的增值率，通過適當降低價格可以減少增值額，降低土地增值稅的適用稅率，從而減輕稅負。二是增加扣除額，主要是通過加大投入來提高市場競爭力。
除此之外，利用股權轉讓方式出售房產也是近年來企業常用的手段之一，特別是一些大企業或上市公司。
比如，2009年，《經濟觀察報》就曾曝出華潤中國通過股權轉讓方式避稅上千億的消息。報道稱，2009年9月初，由華潤中國注資的一家國際地產基金公司“華潤中國地產成長基金”，收購了位于北京東城區東四危改小區沿街公建北區D5區“第五廣場”項目開發公司——北京第五廣場置業有限公司中方全部權益。
該項目由易達國際投資有限公司與北京中鐵泰博房地產開發有限公司合資，雙方權益分別為61.22%和38.78%，評估的所有者權益為317835.12萬元。中鐵泰博公司曾于6月在北京市產權交易所掛牌轉讓該宗交易的合作權益。該宗交易金額超過人民幣12億元，為北京房地產市場經歷金融危機以來少見的大單交易。
華潤中國為一家大型港資房地產公司，華潤中國地產成長基金自2007年開始，先收購項目開發公司中的外資部分——香港易達國際投資有限公司權益，隨后展開其中中方部分——北京中鐵泰博房地產開發有限公司權益的收購。由于中鐵泰博為央企身份，以及受到金融危機的影響，談判持續了兩年。
按照北京岳華德威資產評估有限公司的評估結果，標的企業所有者權益每平方米約合25570元（含地下部分）。2006年，項目地上寫字樓部分開盤銷售價格為3000美元/平方米，目前評估市價約為人民幣3萬元/平方米。
項目樓面地價1000多元/平方米，總建筑面積12.4萬平方米，其中轉讓部分約占40%，估算為5萬平方米，總價約12.4億元，按照土地增值稅清算計稅方式，假設每平方米可扣除的成本為8000元/平方米，那么轉讓部分總成本約4億元，增值額為8.4億元，增值幅度超過200%，其適用的土地增值稅最高稅率達60%，應繳納的土地增值稅總額為3.64億元。
假如該項目以土地轉讓方式轉移給華潤中國地產成長基金，那么成金額為12億余元的項目，就需要交納約占總成交金額30%的土地增值稅。不過，該標的轉讓部分采取了股權轉讓方式，由華潤中國地產成長基金和中鐵泰博房地產開發有限公司共同持股，分享租金等所有者經營收益，這樣就避免了高額的土地增值稅。
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