一、增值稅一般納稅人經營地點遷移時增值稅留抵稅額處理
《關于一般納稅人遷移有關增值稅問題的公告》（國家稅務總局2011年第71號公告）規定：
（一）增值稅一般納稅人（以下簡稱納稅人）因住所、經營地點變動，按照相關規定，在工商行政管理部門作變更登記處理，但因涉及改變稅務登記機關，需要辦理注銷稅務登記并重新辦理稅務登記的，在遷達地重新辦理稅務登記后，其增值稅一般納稅人資格予以保留，辦理注銷稅務登記前尚未抵扣的進項稅額允許繼續抵扣。
（二）遷出地主管稅務機關應認真核實納稅人在辦理注銷稅務登記前尚未抵扣的進項稅額，填寫《增值稅一般納稅人遷移進項稅額轉移單》。《增值稅一般納稅人遷移進項稅額轉移單》一式三份，遷出地主管稅務機關留存一份，交納稅人一份，傳遞遷達地主管稅務機關一份。
（三）遷達地主管稅務機關應將遷出地主管稅務機關傳遞來的《增值稅一般納稅人遷移進項稅額轉移單》與納稅人報送資料進行認真核對，對其遷移前尚未抵扣的進項稅額，在確認無誤后，允許納稅人繼續申報抵扣。
二、增值稅一般納稅人資產重組中增值稅留抵稅額處理
《關于納稅人資產重組增值稅留抵稅額處理有關問題的公告》（國家稅務總局2012年第55號公告）規定：
（一）增值稅一般納稅人（以下稱“原納稅人”）在資產重組過程中，將全部資產、負債和勞動力一并轉讓給其他增值稅一般納稅人（以下稱“新納稅人”），并按程序辦理注銷稅務登記的，其在辦理注銷登記前尚未抵扣的進項稅額可結轉至新納稅人處繼續抵扣。
（二）原納稅人主管稅務機關應認真核查納稅人資產重組相關資料，核實原納稅人在辦理注銷稅務登記前尚未抵扣的進項稅額，填寫《增值稅一般納稅人資產重組進項留抵稅額轉移單》。《增值稅一般納稅人資產重組進項留抵稅額轉移單》一式三份，原納稅人主管稅務機關留存一份，交納稅人一份，傳遞新納稅人主管稅務機關一份。
（三）新納稅人主管稅務機關應將原納稅人主管稅務機關傳遞來的《增值稅一般納稅人資產重組進項留抵稅額轉移單》與納稅人報送資料進行認真核對，對原納稅人尚未抵扣的進項稅額，在確認無誤后，允許新納稅人繼續申報抵扣。
三、增值稅一般納稅人清算注銷時增值稅留抵稅額處理
（一）《關于增值稅若干政策的通知》（財稅[2005]165號）規定：一般納稅人注銷或被取消輔導期一般納稅人資格，轉為小規模納稅人時，其存貨不作進項稅額轉出處理，其留抵稅額也不予以退稅。
（二）《企業所得稅法》第八條和《企業所得稅法實施條例》第三十一條的規定：企業發生的除企業所得稅和允許抵扣的增值稅以外的各項稅金及其附加，準予在計算應納稅所得額時扣除。
因此雖然一般納稅人注銷時留抵的增值稅進項稅額不予以退稅，但在計算應納稅所得額時是準予扣除的。
（三）根據國家稅務總局關于印發《中華人民共和國企業清算所得稅申報表》的通知（國稅函[2009]388號），應將其填入《企業清算所得稅申報表填報說明》附表二《負債清償損益明細表》第9行“應交稅費”中，并以此在清算申報表主表第二行“負債清償損益”中反映。
四、“營改增”企業增值稅留抵稅額的處理
（一）《關于在全國開展交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點稅收政策的通知》（財稅[2013]37號）規定： 原增值稅一般納稅人兼有應稅服務的，截止到本地區試點實施之日前的增值稅期末留抵稅額，不得從應稅服務的銷項稅額中抵扣。
（二）《關于營業稅改征增值稅試點有關預算管理問題的通知》（財預[2013]275號）規定：納稅人兼有適用一般計稅方法計稅的應稅服務、銷售貨物或應稅勞務的，按照銷項稅額的比例劃分應納稅額，分別作為改征增值稅和現行增值稅收入入庫。
也就是說企業整體應納稅額按照銷項稅額的比例去劃分銷售貨物或應稅勞務和應稅服務的應納稅額，從而解決“留抵稅額”問題。
五、增值稅留抵稅額抵繳一般納稅人拖欠納稅檢查應補繳的增值稅稅款的處理
（一）《關于增值稅一般納稅人用進項留抵稅額抵減增值稅欠稅問題的通知》（國稅發[2004]112號）規定：
1.對納稅人因銷項稅額小于進項稅額而產生期末留抵稅額的，應以期末留抵稅額抵減增值稅欠稅。
2.納稅人發生用進項留抵稅額抵減增值稅欠稅時，按以下方法進行會計處理：
（1）增值稅欠稅稅額大于期末留抵稅額，按期末留抵稅額紅字借記“應交稅金——應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記“應交稅金——未交增值稅”科目。
（2）若增值稅欠稅稅額小于期末留抵稅額，按增值稅欠稅稅額紅字借記“應交稅金——應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記“應交稅金——未交增值稅”科目。
3.為了滿足納稅人用留抵稅額抵減增值稅欠稅的需要，將《增值稅一般納稅人納稅申報辦法》（國稅發[2003]53號）《增值稅納稅申報表》（主表）相關欄次的填報口徑作如下調整：
（1）第13項“上期留抵稅額”欄數據，為納稅人前一申報期的“期末留抵稅額”減去抵減欠稅額后的余額數，該數據應與“應交稅金——應交增值稅”明細科目借方月初余額一致。
（2）第25項“期初未繳稅額（多繳為負數）”欄數據，為納稅人前一申報期的“期末未繳稅額（多繳為負數）”減去抵減欠稅額后的余額數。
（二）《關于增值稅進項留抵稅額抵減增值稅欠稅有關處理事項的通知》（國稅函[2004]1197號）規定：
1.關于稅務文書的填開
當納稅人既有增值稅留抵稅額，又欠繳增值稅而需要抵減的，應由縣（含）以上稅務機關填開《增值稅進項留抵稅額抵減增值稅欠稅通知書》（以下簡稱《通知書》，式樣見附件）一式兩份，納稅人、主管稅務機關各一份。
2.關于抵減金額的確定
抵減欠繳稅款時，應按欠稅發生時間逐筆抵扣，先發生的先抵。抵繳的欠稅包含呆賬稅金及欠稅滯納金。確定實際抵減金額時，按填開《通知書》的日期作為截止期，計算欠繳稅款的應繳未繳滯納金金額，應繳未繳滯納金金額加欠稅金額為欠繳總額。若欠繳總額大于期末留抵稅額，實際抵減金額應等于期末留抵稅額，并按配比方法計算抵減的欠稅和滯納金；若欠繳總額小于期末留抵稅額，實際抵減金額應等于欠繳總額。 |
