基于拆遷房屋行為的特殊性，在營業稅計稅依據的確定上，區分以下兩種情形：
1.對償還面積與拆遷建筑面積相等的部分，由當地稅務機關按同類住宅房屋的成本價核定計征營業稅，對最終轉讓時未作價結算的住宅區配套公共設施（如居委會用房、車棚、托兒所等），凡轉讓收入已包含在住宅房屋轉讓價格中并已征收營業稅的，不再征收營業稅。這里要注意，如何確定回遷房的成本價，有的地方認為被拆遷房產原已包含地價，開發商不需對補償房產的成本價再計算土地成本；有的地方則認為應包括土地成本。一般來講，回遷房的成本和正常銷售的商品房一樣，應包括土地成本，只不過這里的地價是交換來的。
2.對超出拆遷建筑面積的部分，房地產商以取得拆遷戶的實際補差款，或者按營業稅暫行條例實施細則第二十條規定的順序確定計稅營業額。一是可以按納稅人最近時期發生同類應稅行為的平均價格核定；二是可以按其他納稅人最近時期發生同類應稅行為的平均價格核定；三是按下列公式核定：營業額＝營業成本或者工程成本×（1 成本利潤率）÷（1-營業稅稅率）。
這里需要注意的是，房地產開發企業在辦理拆遷補償房產時，營業稅的納稅義務發生時間目前沒有明確規定，一般認為拆遷補償的納稅義務發生時間應該為補償房產竣工并與被拆遷戶辦理交接手續時。
企業所得稅的處理：根據企業所得稅法第二十五條的規定，企業發生非貨幣性資產交換，以及將貨物、財產、勞務用于捐贈、償債、贊助、集資、廣告、樣品、職工福利或者利潤分配等用途的，應當視同銷售貨物、轉讓財產或者提供勞務。根據《房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法》（國稅發〔2009〕31號）第七條的規定，企業將開發產品用于捐贈、贊助、職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他企事業單位和個人的非貨幣性資產等行為，應視同銷售，于開發產品所有權或使用權轉移，或于實際取得利益權利時確認收入（或利潤）的實現。所以，對于房地產開發企業將房屋進行產權調換的。在企業所得稅上應作為視同銷售處理。其確認收入（或利潤）的方法和順序為：
1.按本企業近期或本年度最近月份同類開發產品市場銷售價格確定。
2.由主管稅務機關參照當地同類開發產品市場公允價值確定。
3.按開發產品的成本利潤率確定。開發產品的成本利潤率不得低于15%，具體比例由主管稅務機關確定。
關于計稅成本的確定，根據《企業債務重組業務所得稅處理辦法》（國家稅務總局令第六號）第四條的規定，債務人（企業）以非現金資產清償債務，除企業改組或者清算另有規定外，應當分解為按公允價值轉讓非現金資產，再以與非現金資產公允價值相當的金額償還債務兩項經濟業務進行所得稅處理，債務人（企業）應當確認有關資產的轉讓所得（或損失）；債權人（企業）取得的非現金資產，應當按照該有關資產的公允價值（包括與轉讓資產有關的稅費）確定其計稅成本，據以計算可以在企業所得稅前扣除的固定資產折舊費用、無形資產攤銷費用或者結轉商品銷售成本等。據此，房地產企業用自建商品房抵償應付拆遷補償款的行為，應當分解為按公允價值轉讓非現金資產，再以與非現金資產公允價值相當的金額償還債務兩項經濟業務進行企業所得稅處理。
土地增值稅的處理：根據《國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）的規定，房地產企業用建造的本項目房地產安置回遷戶的，安置用房視同銷售處理，按《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發〔2006〕187號）第三條第（一）款規定確認收入，即房地產開發企業將開發產品用于職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產等，發生所有權轉移時應視同銷售房地產,其收入按下列方法和順序確認：
1.按本企業在同一地區、同一年度銷售的同類房地產的平均價格確定。
2.由主管稅務機關參照當地當年、同類房地產的市場價格或評估價值確定。
同時，將此確認為房地產開發項目的拆遷補償費。
所以，拆遷安置用房一樣要計算繳納土地增值稅，實務中一般實行預征，最終按項目進行清算。需要說明的是，房地產開發企業支付給回遷戶的補差價款，計入拆遷補償費；回遷戶支付給房地產開發企業的補差價款，應抵減本項目拆遷補償費。
房地產企業拆遷還房會計處理
一般來講，如果被拆遷戶選擇貨幣補償方式，該項支出作為拆遷補償費，計入開發成本中的土地成本。如果以非貨幣性形式支付的拆遷補償支出、安置及動遷支出、回遷房建造支出，適用《企業會計準則第7號——非貨幣性資產交換》的規定，回遷房的非貨幣性資產交換，預計未來能帶來更多現金流，一般情況下是具有商業實質，且公允價值能夠可靠計量。也就是說，如果被拆遷戶選擇拆遷還房，要按公允價值或同期同類房屋市場價格計算的價格確認“開發成本——土地成本”中的“拆遷補償費支出”。
1.在開發產品完工時，根據安置時的同期同類價格，視同銷售的會計處理：
借：開發成本——土地成本——拆遷補償費
貸：應付賬款——拆遷補償費
借：應付賬款——拆遷補償費
貸：主營業務收入——拆遷補償費
2.房地產企業開具銷售不動產發票，業主向房地產企業出具拆遷補償費收據，結轉成本的會計處理：
借：主營業務成本——土地征用費及拆遷補償費
貸：開發產品
例如，A房地產公司2009年6月開發某城中村改造項目，該項目可供銷售建筑面積30000平方米，用于安置回遷戶村民的住宅建筑面積為8000平方米，其中等面積部分6000平方米。該項目于2012年6月完工，除回遷樓外，其余商品房尚未完全銷售完畢。2012年8月與被拆遷戶辦理了交接手續。該公司同期同類房地產的建造成本為4000元/平方米（含地價）,市場銷售價格為6000元/平方米。
營業稅的處理：A房地產公司于2012年8月開始與被拆遷戶辦理交接手續時，確認繳納營業稅。等面積部分營業稅計稅依據是2400萬元（6000×4000），繳納銷售不動產營業稅2400×5%＝120（萬元）。超面積部分的營業稅計稅依據為1200萬元（2000×6000），繳納營業稅1200×5%＝60（萬元）。
企業所得稅的處理：A房地產公司于2012年8月開始與被拆遷戶辦理交接手續時，就要確認視同銷售所得＝8000×6000－8000×4000＝1600（萬元），繳納企業所得稅1600×25%＝400（萬元）。需要注意的是，這里不能按預計毛利率計算繳稅，而是要確認視同銷售所得計算繳納。
土地增值稅的處理：與企業所得稅不同的是，在與被拆遷戶辦理交接手續時，不需要立即進行土地增值稅清算，只需要預征。假定預征率為2%，則A房地產公司要預繳土地增值稅8000×6000×2%＝96（萬元）。回遷房最后是否做土地增值稅清算，要看樓盤的銷售情況，由于該項目尚未完全銷售完畢，因此，土地增值稅不用必須進行清算。
會計處理如下：
1.開發產品完工時，根據安置時的同期同類價格，視同銷售時的會計處理（單位：萬元，下同）：
借：開發成本——土地成本——拆遷補償費4800
貸：應付賬款——拆遷補償費4800
借：應付賬款——拆遷補償費4800
貸：主營業務收入4800。
2.房地產企業開具銷售不動產發票4800萬元，業主向房地產企業出具拆遷補償費收據4800萬元，結轉成本的會計處理：
借：主營業務成本——土地征用費及拆遷補償費3200
貸：開發產品3200。
