財政部、國家稅務總局、中國人民銀行近日下發《關于印發<跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理辦法>的通知》（財預[2012]40號），就跨省市總分機構企業所得稅收入的征繳和分配管理工作進行了明確。該文件中“匯總清算”部分的規定發生重大改變。按照文件規定，自2013年1月1日起，總分機構匯總納稅中的“退補稅部分”，從財預[2008]10號文件規定的總機構統一辦理，改為由總機構和各分支機構就地辦理。財預[2008]10號文件也同時廢止。
財預[2012]40號文件規定，屬于中央與地方共享范圍的跨省市總分機構企業繳納的企業所得稅，按照統一規范、兼顧總機構和分支機構所在地利益的原則，實行“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的處理辦法，總分機構統一計算的當期應納稅額的地方分享部分中，25%由總機構所在地分享，50%由各分支機構所在地分享，25%按一定比例在各地間進行分配。
統一計算，是指居民企業應統一計算包括各個不具有法人資格營業機構在內的企業全部應納稅所得額、應納稅額。總機構和分支機構適用稅率不一致的，應分別按適用稅率計算應納所得稅額。
分級管理，是指居民企業總機構、分支機構，分別由所在地主管稅務機關屬地進行監督和管理。
就地預繳，是指居民企業總機構、分支機構，應按本辦法規定的比例分別就地按月或者按季向所在地主管稅務機關申報、預繳企業所得稅。
匯總清算，是指在年度終了后，總分機構企業根據統一計算的年度應納稅所得額、應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款后，多退少補。
財政調庫，是指財政部定期將繳入中央總金庫的跨省市總分機構企業所得稅待分配收入，按照核定的系數調整至地方國庫。
財預[2012]40號文件明確，跨省市總分機構企業是指跨省（自治區、直轄市和計劃單列市，下同）設立不具有法人資格分支機構的居民企業。總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構就地預繳企業所得稅。三級及三級以下分支機構，其營業收入、職工薪酬和資產總額等統一并入二級分支機構計算。
按照現行財政體制的規定，國有郵政企業（包括中國郵政集團公司及其控股公司和直屬單位）、中國工商銀行股份有限公司、中國農業銀行股份有限公司、中國銀行股份有限公司、國家開發銀行股份有限公司、中國農業發展銀行、中國進出口銀行、中國投資有限責任公司、中國建設銀行股份有限公司、中國建銀投資有限責任公司、中國信達資產管理股份有限公司、中國石油天然氣股份有限公司、中國石油化工股份有限公司、海洋石油天然氣企業（包括中國海洋石油總公司、中海石油（中國）有限公司、中海油田服務股份有限公司、海洋石油工程股份有限公司）、中國長江電力股份有限公司等企業總分機構繳納的企業所得稅（包括滯納金、罰款收入）為中央收入，全額上繳中央國庫，不實行本辦法。
不具有主體生產經營職能且在當地不繳納營業稅、增值稅的產品售后服務、內部研發、倉儲等企業內部輔助性的二級分支機構以及上年度符合條件的小型微利企業及其分支機構，不實行本辦法。
居民企業在中國境外設立不具有法人資格分支機構的，按本辦法計算有關分期預繳企業所得稅時，其應納稅所得額、應納所得稅額及分攤因素數額，均不包括其境外分支機構。
《跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理辦法》第四部分匯總清算中明確，企業總機構匯總計算企業年度應納所得稅額，扣除總機構和各境內分支機構已預繳的稅款，計算出應補應退稅款，分別由總機構和各分支機構（不包括當年已辦理注銷稅務登記的分支機構）就地辦理稅款繳庫或退庫。這一規定，改變了原來財預[2008]10號文件所規定的由總機構統一辦理的規定。
按照財預[2008]10號文件的規定，“各分支機構不進行企業所得稅匯算清繳，統一由總機構按照相關規定進行。總機構所在地稅務機關根據匯總計算的企業年度全部應納稅額，扣除總機構和分支機構已預繳的稅款，多退少補。”財預[2012]40號文件發布后，這一規定也隨之廢止。
今后，總分機構匯總納稅需要按照新的規定執行。
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