近日，有網友向我們咨詢，已經預繳了部分營業稅的房地產老項目，營改增后如何進行稅務處理，發票如何開具。這一問題看似復雜，實則有了明確的政策規定。
房地產老項目，是指：（一）《建筑工程施工許可證》注明的合同開工日期在2016年4月30日前的房地產項目；（二）《建筑工程施工許可證》未注明合同開工日期或者未取得《建筑工程施工許可證》但建筑工程承包合同注明的開工日期在2016年4月30日前的建筑工程項目。
首先，我們應區分這個營業稅是預繳還是正常申報納稅。對于預繳問題，營改增前后均客觀存在。根據《房地產開發企業銷售自行開發的房地產項目增值稅征收管理暫行辦法》（國家稅務總局公告2016年第18號），不管是一般納稅人還是小規模納稅人，采取預收款方式銷售自行開發的房地產項目，應在收到預收款時按照3%的預征率預繳增值稅，在取得預收款的次月納稅申報期向主管國稅機關預繳稅款。
對于預征稅款的后續處理，應當以當期應納稅額抵減已預繳稅款后，向主管國稅機關申報納稅。未抵減完的預繳稅款可以結轉下期繼續抵減。
具體處理應區分以下幾種情況：
一是一般納稅人銷售自行開發的房地產老項目，可以選擇適用簡易計稅方法按照5%的征收率計稅。值得注意的是，一經選擇簡易計稅方法計稅的，36個月內不得變更為一般計稅方法計稅。納稅申報時，以當期銷售額和5%的征收率計算當期應納稅額，抵減已預繳稅款后，向主管國稅機關申報納稅。其中，預繳稅款計算時，按照5%的征收率計算，即應預繳稅款=預收款÷（1 5%）×3%。小規模納稅人銷售自行開發的房地產項目納稅申報與此相同。
二是一般納稅人銷售自行開發的房地產項目適用一般計稅方法計稅的，應以當期銷售額和11%的適用稅率計算當期應納稅額，抵減已預繳稅款后，向主管國稅機關申報納稅。在這里，預繳稅款計算時，按照11%的適用稅率計算，即應預繳稅款=預收款÷（1 11%）×3%。
如果已經繳納的營業稅不是預繳，那么就要注意以下兩個問題：根據《財政部國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）的規定，試點納稅人發生應稅行為，在納入營改增試點之日前已繳納營業稅，營改增試點后因發生退款減除營業額的，應當向原主管地稅機關申請退還已繳納的營業稅。試點納稅人納入營改增試點之日前發生的應稅行為，因稅收檢查等原因需要補繳稅款的，應按照營業稅政策規定補繳營業稅。
至于發票的開具問題，國家稅務總局公告2016年第18號也做出了明確的規定：一般納稅人銷售自行開發的房地產項目，其2016年4月30日前收取并已向主管地稅機關申報繳納營業稅的預收款，未開具營業稅發票的，可以開具增值稅普通發票，不得開具增值稅專用發票。小規模納稅人銷售自行開發的房地產項目，其2016年4月30日前收取并已向主管地稅機關申報繳納營業稅的預收款，未開具營業稅發票的，可以開具增值稅普通發票，不得申請代開增值稅專用發票。
《國家稅務總局關于營改增試點若干征管問題的公告》（國家稅務總局公告2016年第53號）進一步明確了已申報繳納營業稅未開票問題。該公告指出，《國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點有關稅收征收管理事項的公告》（國家稅務總局公告2016年第23號）附件《商品和服務稅收分類與編碼（試行）》中的分類編碼調整以下內容，納稅人應將增值稅稅控開票軟件升級到最新版本（V2.0.11）：……（十一）增加6“未發生銷售行為的不征稅項目”，用于納稅人收取款項但未發生銷售貨物、應稅勞務、服務、無形資產或不動產的情形。“未發生銷售行為的不征稅項目”下設601“預付卡銷售和充值”、602“銷售自行開發的房地產項目預收款”、603“已申報繳納營業稅未開票補開票”。使用“未發生銷售行為的不征稅項目”編碼，發票稅率欄應填寫“不征稅”，不得開具增值稅專用發票。
