在分公司轉變為子公司的過程后，原總公司的債權債務或原以分公司名義的債權債務可由原公司和新成立的子公司分別承擔。
二、分公司轉為子公司的企業所得稅業務處理
由于分公司轉為子公司，在法律上屬于公司分立，因此稅務也應按照公司分立進行處理。
《財政部國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）第一條第（六）款：分立，是指一家企業（以下稱為被分立企業）將部分或全部資產分離轉讓給現存或新設的企業（以下稱為分立企業），被分立企業股東換取分立企業的股權或非股權支付，實現企業的依法分立。
財稅[2009]59號文對分立業務的所得稅處理區分不同條件分別適用一般性稅務處理規定和特殊性稅務處理規定。
（一）一般性的稅務處理
除符合適用特殊性稅務處理外，企業分立，當事各方應按照下列規定處理：
1.被分立企業對分立出去資產應按公允價值確認資產轉讓所得或損失。
2.分立企業應按公允價值確認接受資產的計稅基礎。
3.被分立企業繼續存在時，其股東取得的對價應視同被分立企業分配進行處理。
4.被分立企業不再繼續存在時，被分立企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。
5.企業分立相關企業的虧損不得相互結轉彌補。
（以上5點為財稅[2009]59號第四條第（五）款規定）
分公司轉變子公司，屬于“被分立企業繼續存在”的情形。
但是，作為新成立的子公司，其股權結構有幾種可能：一是被分立企業（原總公司）100%持股；二是被分立企業（原總公司）股東按照在被分立企業的持股比例，繼續持有新設立的公司股份；三是有新股東加入，但是被分立企業或被分立企業股東擁有控股地位。如果是被分立企業股東，作為新設立公司的股東，則屬于被分立企業股東取得對價。
根據財稅[2009]59號第四條第（五）款規定，一般性稅務處理時企業重組存續分立下，被分立企業的股東取得的對價視同被分立企業分配處理。對價包括股權支付額(分立企業凈資產的公允價值)和其他非股權支付額(現金、非現金資產公允價)。該分配額不超過被分立企業留存收益份額的部分，屬于股息性所得，免征企業所得稅。超過股息所得的部分，視同投資成本的回收，相應沖減舊股(存續企業)的計稅基礎。新股的計稅基礎按照分立企業凈資產公允價值的份額確定。
（二）特殊性稅務處理
根據財稅[2009]59號第五條規定，分公司轉為子公司同時符合下列條件的，適用特殊性稅務處理規定：
1.具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的。
2.企業重組后的連續12個月內不改變重組資產原來的實質性經營活動。
3.企業重組中取得股權支付的原主要股東，在重組后連續12個月內，不得轉讓所取得的股權。
作為分公司轉為子公司，屬于公司分立。公司分立符合上述基本條件，被分立企業所有股東按原持股比例取得分立金的股權，分立企業和被分立企業均不改變原來的實質經營活動，且被分立企業東在該企業分立發生時取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，可以選擇按下列方法進行稅務處理：
1.分立企業接受被分立企業資產和負債的計稅基礎，以被分立企業的原有計基礎確定。
2.被分立企業已分立出去資產相應的所得稅事項由分立企業承繼。
3.被分立企業未超過法定彌補期限的虧損額可按分立資產占全部資產的比例進行分配，由分立企業繼續你補。
4.被分立企業的股東取得分立企業的股權(以下簡稱“新股”)，如需部分或全部放棄原持有的被分立企業的股權(以下簡稱“舊股”)，“新股”的計稅基礎應以放棄“舊股”的計稅基礎確定。如不需放棄“舊股”，則其取得“新股”的計稅基礎可從以下兩種方法中選擇確定：直接將“新股”的計稅基礎確定為零；或者以被分立企業分立出去的凈資產占被分立企業全部凈資產的比例先調減原持有的“舊股”的計稅基礎，再將調減的計稅基礎平均分配到“新股”上。
5.特殊重組交易中股權支付暫不確認有關資產的轉讓所得或損失的，其非股權支付仍應在交易當期確認相應的資產轉讓所得或損失，并調整相應資產的計稅基礎。
非股權支付對應的資產轉讓所得或損失=(被轉讓資產的公允價值一被轉讓資產的計稅基礎)×(非股權支付金額÷被轉讓資產的公允價值)
由此可見，特殊重組除需滿足“合理的商業目的”、“經營連續”、“權益連續”三個條件外，還要求分立企業股東取得的股權支付額達到整體交易支付總額存續分立中的交易支付總額是指所剝離的凈資產(資產-負債)的公允價值的85%。
存續分立中的交易支付總額是指所剝離的凈資產（資產-負債）的公允價值。包括股權支付額和非股權支付額。其中，股權支付額是指被分立企業的股東持有分立企業股權的公允價值，非股權支付額是指被分立企業的股東從被分立企業直接取得的現金和非現金資產的公允價值。
6.特殊重組分立各方稅收優惠政策的銜接。根據《財政部國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》(財稅[2009]59號)第六條第(五)項第2目規定，企業分立，已分立資產相應的所得稅事項由分立企業承繼，這些事項包括未確認的資產損失、分期確認收入的處理以及尚未享受期滿的稅收優惠政策后續處理問題等，如固定資產已經在分立前一次性稅前扣除的，分立后不得再扣除折舊。
三、分公司轉為子公司的會計處理
分公司轉為子公司，屬于企業分立，涉及到被分立企業、分立企業以及被分立企業股東的會計處理。目前企業會計準則及其解釋，暫時還沒有相關具體規定，僅僅有國有企業改建有明確規定外。
針對國有企業改建過程中發生的分立行為，《財政部關于印發<企業公司制改建有關國有資本管理的暫行規定>的通知》（財企[2002]313號）規定：企業實行分立試改建的，應當按照轉入公司制企業的資產、負債經過評估后凈資產折合為國有股份，并可以由原企業國有資本持有，也可以由存續企業持有。
非國有企業可以參照財企[2002]313號規定，同時結合企業會計準則的基本原則進行。
（一）分公司轉為子公司過程中，被分立企業（原總公司）的會計處理
1.被分立企業（原總公司）100%持有分立企業的股權
借：長期股權投資（按照分立的資產-負債的公允價值計量）
負債（分立出去的）
貸：資產（分立出去資產的賬面價值）
資本公積（差額）
【案例-1】甲公司在異地有個分公司——乙分公司。乙分公司現在主要從事高新技術研發，如果獨立為子公司，能滿足高新技術企業評定條件，從而能夠享受高新技術企業優惠政策。因此，甲公司經董事會和股東會決議，決定將乙分公司變更為全資子公司，由甲公司100%持股，以乙公司現有的資產、負債（內部往來除外）的凈額為投資額。
經過清產核資，乙分公司的資產賬面價值1200萬元，公允價值1500萬元；負債300萬元。由于適用特殊性稅務處理，資產公允價值大于賬面價值（假定計稅基礎與賬面價值一致）部分不得在分立企業稅前扣除（因為計稅基礎不變），考慮到分立公司的稅率是15%，則應扣減稅額（300*15%）的影響。
甲公司的會計分錄：
借：長期股權投資1155萬元
負債300萬元
貸：資產1200萬元
資本公積——資本溢價255萬元
2.被分立企業（原總公司）股東100%持有分立企業的股權
分立企業的股權100%由被分立企業（原總公司）股東持有，相當于是對被分立企業股東的分配或退股。
借：利潤分配/盈余公積/實收資本（按照分立的資產-負債的公允價值計量）
負債（分立出去的）
貸：資產（分立出去資產的賬面價值）
資本公積（差額）
如果在分立過程中，有新股東加入，會計處理與上述兩種情況類似，只是按照持股比例減少。
【案例-2】A公司在異地有個分公司——B分公司。B分公司現在主要從事高新技術研發，如果獨立為子公司，能滿足高新技術企業評定條件，從而能夠享受高新技術企業優惠政策。因此，A公司經董事會和股東會決議，決定將B分公司變更為獨立法人公司，由A公司股東按照在A公司的持股比例100%持股，以B公司現有的資產、負債（內部往來除外）的凈額為投資額。
經過清產核資，B分公司的資產賬面價值1200萬元，公允價值1200萬元；負債300萬元。
假定A公司“未分配利潤”貸方余額1000萬元，“盈余公積”貸方余額800萬元。
A公司的會計分錄：
借：利潤分配900萬元
負債300萬元
貸：資產1200萬元
（二）分公司轉為子公司過程中，分立企業（原分公司）的會計處理
對于分公司轉為子公司，新設立的子公司應按照分立的資產、負債的公允價值進行初始計量，對于凈資產超過注冊資本的差額計入“資本公積”；對于分立的資產因賬面價值與計稅基礎之間的差異確認所得稅資產或負債。
借：資產（公允價值）
遞延所得稅資產
貸：負債（賬面價值）
實收資本
資本公積
遞延所得稅負債
【案例-3】甲A公司在異地有個分公司——乙B分公司。乙B分公司現在主要從事高新技術研發，如果獨立為子公司，能滿足高新技術企業評定條件，從而能夠享受高新技術企業優惠政策。因此，甲公司經董事會和股東會決議，決定將乙B分公司變更為全資子公司，由甲A公司100%持股，以乙公司現有的資產、負債（內部往來除外）的凈額為投資額。
經過清產核資，乙B分公司的資產賬面價值1200萬元，評估公允價值1520萬元；負債300萬元。詳情如下：
解析：
（1）由于固定資產已經全部稅前一次性扣除了，其計稅基礎為0，后期的會計折舊不能稅前扣除，因此應確認“遞延所得稅負債”=600*15%=90萬元（假定后期高新技術企業稅率15%）。
（2）存貨賬目價值（假設與計稅基礎一致），公允價值820萬元，差額320萬元在適用特殊性稅務處理時不得扣除，應確認“遞延所得稅負債”=320*15%=48萬元。
因此，對于甲A公司，公允價值1520萬元還應扣除“遞延所得稅負債”138萬元（90 48）才是其應享受的權益，扣除所得稅影響的凈資產=1520-300-138=1082萬元。
乙B公司的會計分錄：
借：銀行存款 100萬元
存貨 820萬元
固定資產 600萬元
貸：應付賬款 300萬元
實收資本 1000萬元（假定注冊資本）
資本公積 82萬元
遞延所得稅負債 138萬元
說明：為了簡化，固定資產按凈值做的分錄。
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