截至目前，我國企業所得稅匯總納稅政策的發展變化大體經歷了三個階段。 第一個階段是2008年之前，執行企業所得稅暫行條例時的匯總納稅政策。在這一階段，國家稅務總局先后于2001年、2002年以及2006年發布了《關于匯總（合并）納稅企業實行統一計算、分級管理、就地預交、集中清算所得稅問題通知》（國稅發[2001]13號）、《關于匯總合納稅企業實行計算、分級管理、就地預交、集中清算所得稅問題的補充通知》（國稅函[2002]226號）和《關于規范匯總合并繳納企業所得稅范圍的通知》（國稅函[2006]48號）三個文件。 這個階段匯總納稅政策的主要特征是，匯總納稅實行行政審批制度，并非任何企業都可以成為匯總納稅企業，并且匯總納稅范圍小，僅有5類企業集團可以執行匯總納稅政策，主要是國有企業集團和一些特殊行業的企業。
第二個階段是2008年執行新企業所得稅法之后到2012年末的匯總納稅管理政策。自2008年起開始執行新的企業所得稅制度，企業所得稅法第五十條規定“居民企業在中國境內設立不具有法人資格的營業機構的，應當匯總計算并繳納企業所得稅”。為了具體落實企業所得稅法中關于匯總納稅的規定，國家稅務總局先后發布了《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發[2008]28號）、《國家稅務總局關于跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理有關問題的通知》（國稅函[2008]747號）和《國家稅務總局關于跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函[2009]221號）等三個文件。 和第一階段的匯總納稅政策相比，這一階段的匯總納稅政策最大特點是不再實行審批制，而是實行法定制，相關企業只要滿足企業所得稅法的基本規定，即可自動采用匯總納稅的計稅方式，不再需要稅務機關的審批。 第三個階段是2013年1月1日之后的匯總納稅管理政策。為了解決第二個階段匯總納稅政策執行過程中的諸多問題，特別是匯總納稅企業分支機構所在地稅務機關稅務檢查權不明確的問題，2012年12月底，國家稅務總局發布《關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號），將第二階段匯總納稅政策的相關規范性文件作廢，重新發布了匯總納稅管理政策。這一階段的管理政策基本延續了第二階段的管理政策，僅在個別征納雙方意見比較大的政策點上重新進行了明確和規定。 與第二階段的政策相比，第三階段的政策變化主要體現在以下兩個方面。一是根據第二階段政策，分支機構不參加匯算清繳，補稅和退稅都與分支機構無關，在第三階段，分支機構參加匯算清繳，補稅額和退稅額分別按照稅款分攤比例在總機構和分支機構之間進行。二是明確了分支機構所在地稅務機關可以單獨對該分支機構進行稅務檢查，查補的稅款50%由總機構入庫，50%在查補出稅款的分支機構所在地入庫。 匯總企業二級機構認定標準還需細化
匯總納稅企業需更規范稅務處理
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