一些納稅人由于不清楚免稅農產品抵扣增值稅進項稅額相關的稅收政策，申報納稅時因進項稅額計算不準確而影響了申報。在此對相關農產品抵扣進項稅額的稅收政策歸納如下。
《中華人民共和國增值稅暫行條例》第八條規定，準予從銷項稅額中抵扣的進項稅額是：
（一）從銷售方取得的增值稅專用發票上注明的增值稅額。
（二）從海關取得的海關進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅額。
（三）購進農產品，除取得增值稅專用發票或者海關進口增值稅專用繳款書外，按照農產品收購發票或者銷售發票上注明的農產品買價和13%的扣除率計算的進項稅額。
（四）購進或者銷售貨物以及在生產經營過程中支付運輸費用的，按照運輸費用結算單據上注明的運輸費用金額和7%的扣除率計算的進項稅額。第九條規定，納稅人購進貨物或者應稅勞務，取得的增值稅扣稅憑證不符合法律、行政法規或者國務院稅務主管部門有關規定的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
《財政部、國家稅務總局關于農民專業合作社有關稅收政策的通知》（財稅[2008]81號）規定，增值稅一般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農業產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額。
《財政部、國家稅務總局關于免征部分鮮活肉蛋產品流通環節增值稅政策的通知》(財稅[2012]75號)第三條規定：《中華人民共和國增值稅暫行條例》第八條所列準予從銷項稅額中扣除的進項稅額的第（三）項所稱的銷售發票，是指小規模納稅人銷售農產品依照3%征收率按簡易辦法計算繳納增值稅而自行開具或委托稅務機關代開的普通發票。批發、零售納稅人享受免稅政策后開具的普通發票不得作為計算抵扣進項稅額的憑證。
《財政部、國家稅務總局關于購進煙葉的增值稅抵扣政策的通知》（財稅[2006]140號）規定，對煙葉稅納稅人按規定繳納的煙葉稅，準予并入煙葉產品的買價計算增值稅的進項稅額，并在計算繳納增值稅時予以抵扣。
《財政部、國家稅務總局關于在部分行業試行農產品增值稅進項稅額核定扣除試點實施辦法的通知》（財稅[2012]38號）規定，自2012年7月1日起，以購進農產品為原料生產銷售液體乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值稅一般納稅人，納入農產品增值稅進項稅額核定扣除試點范圍，其購進農產品無論是否用于生產上述產品，增值稅進項稅額均按照農產品增值稅進項稅額核定扣除試點實施辦法的規定抵扣。除此規定以外的納稅人，其購進農產品仍按現行增值稅的有關規定抵扣農產品進項稅額。《國家稅務總局關于在部分行業試行農產品增值稅進項稅額核定扣除辦法有關問題的公告》（國家稅務總局公告2012年第35號)規定，增值稅一般納稅人委托其他單位和個人加工液體乳及乳制品、酒及酒精、植物油，其購進的農產品均適用《財政部、國家稅務總局關于在部分行業試行農產品增值稅進項稅額核定扣除辦法的通知》的有關規定。
《國家稅務總局關于加強免征增值稅貨物專用發票管理的通知》（國稅函[2005]780號)規定，增值稅一般納稅人銷售免稅貨物，一律不得開具專用發票（國有糧食購銷企業銷售免稅糧食除外）。如違反規定開具專用發票的，則對其開具的銷售額依照增值稅適用稅率全額征收增值稅，不得抵扣進項稅額，并按照《中華人民共和國發票管理辦法》及其實施細則的有關規定予以處罰。
根據以上稅收政策規定，增值稅一般納稅人從一般納稅人購進農產品時，其取得增值稅專用發票可以抵扣發票上注明的進項稅額；從國外購進農產品時，應從海關取得增值稅完稅憑證才可以抵扣在海關已經實際繳納的稅款；從農業生產者手中購進免稅農產品時，可以開具經主管稅務機關批準使用的收購憑證，計算、抵扣進項稅額；從農業生產單位（含農民專業合作社）購進農產品時，農業生產單位開具的普通發票可以作為計算并抵扣進項稅額的憑證。自產免稅農業產品無論開具免稅貨物（勞務）發票，還是通過防偽稅控系統開具增值稅普通發票均屬于“農產品銷售發票”范圍，其取得發票均可以計算進項稅額，準予從銷項稅額中抵扣。從事農產品批發、零售的納稅人享受免稅政策后開具的普通發票不得作為計算抵扣進項稅額的憑證。 |
