國家發(fā)展改革委員會等部門2007年度第6號公告)進行核對，并以《企業(yè)研發(fā)項目登記信息告知書》形式，將研發(fā)項目登記號告知企業(yè)。
主管稅務機關核對時，對企業(yè)研發(fā)項目有異議的，應按照《試行辦法》第十三條規(guī)定，要求企業(yè)提供政府科技部門的鑒定意見書，同時，將該項目的信息上報市局。
企業(yè)在辦理企業(yè)所得稅匯算清繳時，應按《情況表》的項目分類，將實際發(fā)生的《試行辦法》第四條規(guī)定的研發(fā)費用金額，填入《企業(yè)所得稅年度納稅申報表》附表五(1)《研發(fā)項目可加計扣除研究開發(fā)費情況歸集表》中，并計算加計扣除金額。
二、本市企業(yè)集團集中進行的研發(fā)項目，由企業(yè)集團報送《情況表》其主管稅務機關予以受理，并按規(guī)定對項目屬性和項目實際發(fā)生的研發(fā)費用分攤方法進行復核，最終將復核結果告知本市參與項目研發(fā)集團各成員公司的主管稅務機關。
《試行辦法》第十九條規(guī)定的稅企雙方對企業(yè)集團集中研究開發(fā)費的分攤方法和金額有爭議的，如企業(yè)集團各成員公司皆在本市的，由本市相關主管稅務機關報市局協(xié)調(diào)解決，稅企雙方按照市國家稅務局、市地方稅務局的意見扣除實際分攤的研究開發(fā)費；如企業(yè)集團成員公司分設在不同省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市的，由本市相關主管稅務機關報市局轉呈國家稅務總局研究解決，稅企雙方按照國家稅務總局的最終意見扣除實際分攤的研究開發(fā)費。
四、除實行總機構匯總納稅辦法的企業(yè)和上年度應納稅所得額小于零或享受整體減免稅的企業(yè)外，對上年度按照《試行辦法》規(guī)定，實際享受企業(yè)研發(fā)費加計扣除優(yōu)惠政策的居民企業(yè)，根據(jù)《國家稅務總局關于加強企業(yè)所得稅預繳工作的通知》（國稅函[2009]34號）規(guī)定，按實際利潤額預繳當年企業(yè)所得稅確有困難的，經(jīng)稅務機關審核批準，可按上年度應納稅所得額的季度平均額預繳當年企業(yè)所得稅。企業(yè)可在每年的3月10日之前，向其主管稅務機關提出書面申請，并填報申請表（附后）。預繳方式一經(jīng)確定，一個納稅年度內(nèi)不得變更。
五、各主管稅務機關應做好企業(yè)研發(fā)費加計扣除稅收優(yōu)惠政策的宣傳、輔導、提供咨詢等服務工作，在服務大廳電子顯示屏、電子觸摸屏和網(wǎng)站公示相關政策和操作規(guī)程。
六、各主管稅務機關應按照《試行辦法》和本市實施意見組織全面落實。每月終了后十日內(nèi)，向市局報送研發(fā)項目資料匯總表；每年6月底前，向市局報送企業(yè)研發(fā)項目加計扣除情況匯總表、《關于企業(yè)研發(fā)費稅前扣除有關事宜的通知》回復情況表和政策執(zhí)行情況的書面報告。市局將加強對各單位落實政策情況進行跟蹤檢查和考核。
附件:
1.《上海市企業(yè)研發(fā)項目情況表》（自主開發(fā)類）；
2.《上海市企業(yè)研發(fā)項目情況表》（委托開發(fā)類）；
3.《上海市企業(yè)研發(fā)項目情況表》（合作開發(fā)類）；
4.《上海市企業(yè)研發(fā)項目情況表》（集中開發(fā)類）；
5.《按上年度應納稅所得額季度平均額預繳企業(yè)所得稅申請表》
