二、項目登記范圍
12號文件規定：“各級地方稅務機關對納稅人承攬的建筑業工程實行項目登記管理，并根據下列情況分別進行一般登記和簡易登記。”而244號文件規定：“本省范圍內規模以上（具體規模標準由各地自行確定）建筑工程項目與施工企業承接的異地建筑工程項目均應進行項目登記。”較之于244號文件，12號文件要求所有的項目均要辦理登記，即一個項目一個登記。
三、項目登記要求
12號文件規定：“納稅人應在建筑工程合同簽訂之日起30日內向項目所在地主管稅務機關辦理項目登記。”而244號文件規定：“建筑工程項目的登記對象為工程建設方與施工方，即采集建筑業雙向的信息。”較之于244號文件，12號文件將雙向登記改為了單向登記，更加方便基層開展工作。
四、總分包工程的登記要求
12號文件規定：“納稅人在本身范圍內承攬涉及總分包的工程項目，應進行一般登記。”而244號文件規定：“建筑工程項目實行分包或轉包的，由總包方統一向稅務機關提供項目信息，分包方與轉包方不需再提供項目信息。”較之于244號文件中基于扣繳模式下的總包登記，12號文件是基于差額抵扣模式下的各自登記，將更加有利于稅務機關對施工方的管理。
五、水、電、氣供應單位項目登記要求
12號文件規定：“水、電、氣供應單位、廣播電視系統、電信單位從事的管道安裝工程、初裝工程、電信工程等項目金額較小、開票較頻繁的零星建筑工程，可不進行簡易項目登記。但符合一般登記條件的建筑項目，必須納入項目管理。”而244號文件中，對此無任何規定，12號文件的此項規定，進一步補充完善了項目登記的范圍規定。
六、異地項目工程管理要求
12號文件規定：“對納稅人承攬本省范圍內的異地建筑業勞務，機構所在地主管稅務機關與項目所在地主管稅務機關應加強協調配合，建立聯系制度，依托信息化手段，確保信息渠道暢通。”而244號文件規定：“納稅人提供異地建筑業應稅勞務的，應同時按照上述規定向機構所在地主管稅務機關進行異地建筑工程項目登記。”較之于244號文件，12號文件取消異地建筑工程項目登記的要求。
七、自開票認定管理機構
12號文件規定：“符合第十二條第（一）款規定條件的建筑業納稅人可向項目所在地主管稅務機關提出自開票納稅人資格認定申請。”而244號文件規定：“自開票納稅人，是指符合規定條件，向主管稅務機關申請領購并自行開具建筑業發票的單位。”較之于244號文件，12號文件中，負責審批的主管單位由主管稅務機關變為了項目所在地主管稅務機關。
八、發票開具內容
12號文件規定：“下列情形所涉金額不得在建筑業發票上開具：（一）建設單位提供的材料和設備價款；（二）提供建筑業勞務的同時銷售自產貨物的銷售額；（三）省級以上稅務機關規定的其他情形。”而244號文件對此無明確要求。12號文件中，該項內容的增加，不僅是與新營業稅暫行條例的呼應，也將更加有利于規范甲供材的管理。
九、預清算發起要求
12號文件規定：“進行一般登記的建筑業項目，符合下列條件之一的，應按本辦法規定向項目所在地主管稅務機關辦理項目預清算：（一）外來施工方承攬本地的建筑業項目；（二）本地納稅人承攬本地建筑業項目，且合同金額在1000萬元以上的；（三）項目所在地主管稅務機關認為需要預清算的。”較之于244號文件，12號文件增加了預清算的內容，能更好的實現對外來施工方和本地大額建筑工程稅款征繳的掌控。
十、最終清算的要求
12號文件規定：“進行一般登記的建筑業項目，具有下列情形之一時，應進行項目最終清算：（一）工程項目的營業稅納稅義務已完全發生；（二）合同終止或解除的；（三）申請辦理項目注銷登記的；（四）納稅人申請注銷稅務登記但未辦理建筑業項目清算手續的；（五）項目所在地主管稅務機關規定的其他情形。”而244號文件規定：“施工方在建筑業工程項目完工并經相關部門竣工驗收及出具工程竣工結算報告之日起30日內，向主管稅務機關申請建筑工程項目清算。”較之于244號文件，12號文件更加細化了最終清算的條件，而不僅僅是以是否出具工程竣工結算報告為條件，將更加有利于主管稅務機關對于清算面的掌控。
