房地產企業較之非房地產企業具有生產經營周期長、投資大的特點，并且房地產通常采用的是預收商品房款項的方式從事其項目的開發與經營。另外，房地產企業銷售商品房還應當繳納土地增值稅，并且在土地增值稅未清算之前實行預繳土地增值稅。對房地產企業預繳土地增值稅在預繳的當期稅前扣除。正是由于房地產企業經營活動的特殊性，其在企業所得稅日常申報以及匯算清繳較之非房地產企業主要存在差異，主要體現在以下四個方面：
一、預收款應當先預計計稅毛利并入當期所得計算企業所得稅。預收賬款是企業按照合同規定向購貨方或勞務接受方預先收取的款項，用以后的商品或勞務償付。非房地產企業處置不動產，屬于轉讓財產所得，采取預收方式的，不確認收入，且應一次性確認為營業收入，并且在不動產發生轉移確認收入的實現。但房地產開發企業預收房款金額之大，所得實現周期之長，為了國家稅收收入均衡入庫，根據《國家稅務總局關于印發〈房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法〉的通知》（國稅發〔2009〕31號，以下簡稱國稅發〔2009〕31號）第九條的規定，企業銷售未完工開發產品取得的收入，應先按預計計稅毛利率分季度（或月度）計算出預計毛利額，計入當期應納稅所得額。
房地產企業預收定金應當不預計計稅毛利。國稅發〔2009〕31號第六條規定：企業通過正式簽訂《房地產銷售合同》或《房地產預售合同》所取得的收入，應確認為銷售收入的實現，具體按以下規定確認：
（一）采取一次性全額收款方式銷售開發產品的，應于實際收訖價款或取得索取價款憑據（權利）之日，確認收入的實現。
（二）采取分期收款方式銷售開發產品的，應按銷售合同或協議約定的價款和付款日確認收入的實現。付款方提前付款的，在實際付款日確認收入的實現。
（三）采取銀行按揭方式銷售開發產品的，應按銷售合同或協議約定的價款確定收入額，其首付款應于實際收到日確認收入的實現，余款在銀行按揭貸款辦理轉賬之日確認收入的實現。
（四）采取委托方式銷售開發產品的，應按以下原則確認收入的實現：
1.采取支付手續費方式委托銷售開發產品的，應按銷售合同或協議中約定的價款于收到受托方已銷開發產品清單之日確認收入的實現。
2.采取視同買斷方式委托銷售開發產品的，屬于企業與購買方簽訂銷售合同或協議，或企業、受托方、購買方三方共同簽訂銷售合同或協議的，如果銷售合同或協議中約定的價格高于買斷價格，則應按銷售合同或協議中約定的價格計算的價款于收到受托方已銷開發產品清單之日確認收入的實現；如果屬于前兩種情況中銷售合同或協議中約定的價格低于買斷價格，以及屬于受托方與購買方簽訂銷售合同或協議的，則應按買斷價格計算的價款于收到受托方已銷開發產品清單之日確認收入的實現。
3.采取基價（保底價）并實行超基價雙方分成方式委托銷售開發產品的，屬于由企業與購買方簽訂銷售合同或協議，或企業、受托方、購買方三方共同簽訂銷售合同或協議的，如果銷售合同或協議中約定的價格高于基價，則應按銷售合同或協議中約定的價格計算的價款于收到受托方已銷開發產品清單之日確認收入的實現，企業按規定支付受托方的分成額，不得直接從銷售收入中減除；如果銷售合同或協議約定的價格低于基價的，則應按基價計算的價款于收到受托方已銷開發產品清單之日確認收入的實現。屬于由受托方與購買方直接簽訂銷售合同的，則應按基價加上按規定取得的分成額于收到受托方已銷開發產品清單之日確認收入的實現。
4.采取包銷方式委托銷售開發產品的，包銷期內可根據包銷合同的有關約定，參照上述1至3項規定確認收入的實現；包銷期滿后尚未出售的開發產品，企業應根據包銷合同或協議約定的價款和付款方式確認收入的實現。
由此可見，預計計稅毛利應該以簽訂《房地產銷售合同》或《房地產預售合同》為前提。如果房地產開發企業與購房業主簽訂了《房地產銷售合同》或《房地產預售合同》，房地產開發企業收取了業主的款項(如定金、預付款等)，均應該按照規定預繳企業所得稅；反之，房地產公司沒有與購房者簽訂相關合同，所收取的款項(如：訂金、誠意金、vip會員費等)，是不作為預計計稅毛利的基數。
但需要說明是，目前，也有些地方稅務機關規定，定金、訂金、意向金、預約保證款、合同保證金應當預計計稅毛利。如《遼寧省大連市地方稅務局關于明確房地產開發經營業務企業所得稅相關問題的通知》（大地稅函〔2009〕77號）規定：企業銷售未完工開發產品取得的收入（包括預收款定金、預約保證金、合同保證金）等按預計計稅毛利率分季（或月）計算出當期毛利額，扣除相關營業稅金及附加、土地增值稅后，作為納稅調整增加額計入當期應納稅所得額。
開發產品達到“已經完工”條件應當及時進行項目企業所得稅清算，否則承擔一定的稅收風險。根據《國家稅務總局關于房地產開發企業所得稅預繳問題的通知》（國稅函〔2008〕299號）的規定，房地產開發企業按當年實際利潤據實分季（或月）預繳企業所得稅的，對開發、建造的住宅、商業用房以及其他建筑物、附著物、配套設施等開發產品，在未完工前采取預售方式銷售取得的預售收入，按照規定的預計利潤率分季（或月）計算出預計利潤額，計入利潤總額預繳，開發產品完工、結算計稅成本后按照實際利潤再行調整。國稅發〔2009〕31號）第三條規定，企業房地產開發經營業務包括土地的開發，建造、銷售住宅、商業用房以及其他建筑物、附著物、配套設施等開發產品。除土地開發之外，其他開發產品符合下列條件之一的，應視為已經完工：（一）開發產品竣工證明材料已報房地產管理部門備案。（二）開發產品已開始投入使用。（三）開發產品已取得了初始產權證明。并且《國家稅務總局關于房地產開發企業開發產品完工條件確認問題的通知》（國稅函〔2010〕201號）規定，房地產開發企業建造、開發的開發產品，無論工程質量是否通過驗收合格，或是否辦理完工（竣工）備案手續以及會計決算手續，當企業開始辦理開發產品交付手續（包括入住手續）或已開始實際投入使用時，為開發產品開始投入使用，應視為開發產品已經完工。房地產開發企業應按規定及時結算開發產品計稅成本，并計算企業當年度應納稅所得額。
二、房地產企業項目企業所得稅清算時，部分成本費用發票未取得可以以依法預提作為稅前扣除的依據。非房地產企業發生的成本費用未按規定取得發票不允許稅前扣除，即便是正常的估價入賬，在匯算清繳期仍未取得發票的，仍然應當進項納稅調整。房地產企業成本之大，在項目清算時，往往發票不能及時到位。考慮到房地產企業的特殊情形，允許項目清算時可以依法預提作為稅前扣除的依據。具體包括：（1）出包工程未最終辦理結算而未取得全額發票的，在有相關合同、協議或其他證明資料的前提下，可以預提合同總金額的10%，計入成本對象的開發成本中。（2）公共配套設施尚未建造或尚未完工的，可以按照預算造價合理預提建造費用。該公共配套設施必須符合在售房合同、協議或廣告、模型中明確承諾建造并且不可撤消，或按照法律法規規定必須配套建造的條件。（3）應向政府上交但尚未上交的報批報建費用、物業完善費用可以按規定預提。物業完善費用是指按規定應由房地產開發企業承擔的物業管理基金、公共維修基金或其他專項基金。
三、預收房款可以作為業務招待費、廣告費和業務宣傳費扣除基數。非房地產企業的業務招待費、廣告費和業務宣傳費是以實現的主營業務收入、其他業務收入以及視同銷售收入作為稅前扣除基數。但房地產企業通過正式簽訂《房地產銷售合同》或《房地產預售合同》所取得的收入，應確認為銷售收入的實現。對采取一次性全額收款方式銷售開發產品的，應于實際收訖價款或取得索取價款憑據（權利）之日，確認收入的實現；采取分期收款方式銷售開發產品的，應按銷售合同或協議約定的價款和付款日確認收入的實現；付款方提前付款的，在實際付款日確認收入的實現。因此，房地產企業如通過正式簽訂《房地產銷售合同》或《房地產預售合同》所取得的預售收入，應確認為銷售收入，可以確認為業務招待費、廣告宣傳費扣除基數。但開發產品交付結轉銷售收入時，已作為計提基數的未完工開發產品的銷售收入不得重復作為計算業務招待費、廣告費和業務宣傳費扣除的基數。企業正常生產經營期間發生的業務招待費、廣告費和業務宣傳費當期扣除基數=銷售（營業）收入＋視同銷售（營業）收入＋（房地產開發企業銷售未完工產品的收入－銷售未完工產品轉完工產品確認的銷售收入）。
四、土地增值稅清算后，對以前年度企業所得稅少扣或多扣土地增值稅應當追索調整。一般來說，企業預繳稅款在預繳當期稅前扣除，而不追索該預繳稅款是屬于哪個年度實現的企業所得稅。但房地產土地增值稅清算后，對以前預繳土地增值稅則需要追索到所屬年度，并按照配比原則確認應扣除的土地增值稅，進而確認應退或應補企業所得稅。根據《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算涉及企業所得稅退稅有關問題的公告》（國家稅務總局公告2016年第81號）規定：企業按規定對開發項目進行土地增值稅清算后，當年企業所得稅匯算清繳出現虧損且有其他后續開發項目（后續開發項目，是指正在開發以及中標的項目）的，該虧損應按照稅法規定向以后年度結轉，用以后年度所得彌補；企業按規定對開發項目進行土地增值稅清算后，當年企業所得稅匯算清繳出現虧損，且沒有后續開發項目的，對其該項目由于土地增值稅原因導致的項目開發各年度多繳企業所得稅稅款，并申請退稅。由此可見，房地產企業按規定對開發項目進行土地增值稅清算后，當年企業所得稅匯算清繳出現虧損且有其他后續開發項目的，該虧損應按照稅法規定向以后年度結轉，用以后年度所得彌補。企業按規定對開發項目進行土地增值稅清算后，當年企業所得稅匯算清繳出現虧損，且沒有后續開發項目的，可以申請退稅具體應退稅款計算如下：
首先，確認各年度應扣除的土地增值稅。房地產企業平時預繳土地增值稅，按照實際預繳的土地增值稅予以稅前扣除。待土地增值稅清算后，才能確定應繳納的土地增值稅。相應要根據土地增值稅清算結果分別確認以前年度應扣除的土地增值稅。所繳納的土地增值稅應按照該項目開發各年度實現的項目銷售收入占整個項目銷售收入總額的比例，在項目開發各年度進行分攤，具體按以下公式計算：各年度應分攤的土地增值稅=土地增值稅總額×（項目年度銷售收入÷整個項目銷售收入總額）。所稱銷售收入包括視同銷售房地產的收入，但不包括企業銷售的增值額未超過扣除項目金額20%的普通標準住宅的銷售收入。
其次，該項目開發各年度應分攤的土地增值稅減去該年度已經在企業所得稅稅前扣除的土地增值稅后，余額屬于當年應補充扣除的土地增值稅；企業應調整當年度的應納稅所得額，并按規定計算當年度應退的企業所得稅稅款；當年度已繳納的企業所得稅稅款不足退稅的，應作為虧損向以后年度結轉，并調整以后年度的應納稅所得額。但進行土地增值稅分攤調整后，導致相應年度應納稅所得額出現正數的，應按規定計算繳納企業所得稅。按上述方法計算的累計退稅額，不得超過其在該項目開發各年度累計實際繳納的企業所得稅；超過部分作為項目清算年度產生的虧損，向以后年度結轉。
