（3）轉讓庫存股時，轉讓價高于庫存股的賬面余額
借：銀行存款（實際收到金額）
貸：庫存股(轉讓庫存股的賬面余額)
資本公積——股本溢價（轉讓價與庫存股賬面余額的差額）
（4）轉讓庫存股時，轉讓價低于庫存股的賬面余額
借：銀行存款（實際收到金額）
資本公積--股本溢價(差額先沖股本溢價)
盈余公積(股本溢價不足,沖減盈余公積)
利潤分配--未分配利潤(股本溢價和盈余公積仍不足部分)
貸：庫存股(轉讓庫存股的賬面余額)
二、回購股份的稅務處理
1、個人股東的稅務處理
回購股份過程中，回購方上市公司不涉及稅收，對于被回購方是個人的，由于上市公司股票屬于金融商品，根據《營業稅改征增值稅試點過渡政策的規定》（財稅〔2016〕36號附件3）第一條第二十二項第五小項：“下列項目免征增值稅：（二十二）下列金融商品轉讓收入：5.個人從事金融商品轉讓業務。”對于個人被回購上市公司股票免征增值稅。
根據《財政部、國家稅務總局關于個人轉讓股票所得繼續暫免征收個人所得稅的通知》（財稅字[1998]61號）規定：“從1997年1月1日起，對個人轉讓上市公司股票取得的所得繼續暫免征收個人所得稅。”對于個人被回購上市公司股票（不含限售股）免征個人所得稅。
根據《財政部、國家稅務總局關于調整證券（股票）交易印花稅征收方式的通知》（財稅明電[2008]2號）規定：“從2008年9月19日起，調整證券（股票）交易印花稅征收方式，將現行的對買賣、繼承、贈與所書立的Ａ股、Ｂ股股權轉讓書據按千分之一的稅率對雙方當事人征收證券（股票）交易印花稅，調整為單邊征稅，即對買賣、繼承、贈與所書立的Ａ股、Ｂ股股權轉讓書據的出讓方按千分之一的稅率征收證券（股票）交易印花稅，對受讓方不再征稅。”對于個人被回購上市公司股票按千分之一的稅率征收證券（股票）交易印花稅。
2.法人股東的稅務處理
回購股份過程中，對于被回購方是法人的，由于上市公司股票屬于金融商品，根據《營業稅改征增值稅試點實施辦法》(財稅〔2016〕36號附件1)規定，企業轉讓外匯、有價證券、非貨物期貨和其他金融商品所有權屬金融商品轉讓，應按照賣出價扣除買入價后的余額為銷售額，計算繳納增值稅。一般納稅人企業適用稅率為6%，小規模納稅人企業適用3%征收率。
根據《企業所得稅法》和《企業所得稅法實施條例》的規定，轉讓股票屬于財產轉讓收入，應當繳納企業所得稅。根據《國家稅務總局關于貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函[2010]79號）第三條：“企業轉讓股權收入，應于轉讓協議生效、且完成股權變更手續時，確認收入的實現。轉讓股權收入扣除為取得該股權所發生的成本后，為股權轉讓所得。企業在計算股權轉讓所得時，不得扣除被投資企業未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額。”對于被投資企業的未分配利潤等股東留存收益已經繳納過企業所得稅，但在轉讓股票時不得扣除，有重復納稅之嫌（參見股權轉讓前先進行利潤分配可避免重復征稅）。
根據財稅明電[2008]2號的規定，對于法人被回購的上市公司股票也是按千分之一的稅率征收證券（股票）交易印花稅。
