例如，某企業籌建期開辦費為1000萬元，籌建期歷時3年，2011年開始生產經營取得收入，如果2009年~2010年的開辦費都作為當年的虧損處理，意味著虧損彌補期少了3年。而按國稅函[2009]98號規定，2011年作為開辦費扣除，有效延長了虧損彌補期限。如果2011年仍沒有足夠所得彌補虧損，可選擇作其他長期待攤費用，遞延3年扣除。
核定征收改為查賬征收方式如何彌補虧損
納稅人由查賬征收方式改為核定征收方式，再改為查賬征收方式的，其以前年度已確認未彌補的虧損可從再改為查賬征收方式的年度起彌補，但彌補虧損期限以發生虧損年度的下一年開始計算，5年內不論盈虧或者改變征收方式，均連續計算彌補年限。
例如，某企業2009年為查賬征收所得稅企業，累計未彌補虧損150萬元，其中：2007年虧損20萬元，2008年虧損30萬元，2009年虧損100萬元。2010年采取核定征收，前期虧損不允許在2010年度稅前彌補。其2011年又轉為查賬征收，實現利潤50萬元，2011年可彌補以前年度虧損50萬元。假設2012年實現利潤50萬元，仍可彌補以前年度虧損50萬元。
減征免征所得項目與應稅項目的盈虧互抵處理
《國家稅務總局關于做好2009年度企業所得稅匯算清繳工作的通知》（國稅函[2010]148號）明確，對企業取得的免稅收入、減計收入以及減征、免征所得額項目，不得彌補當期及以前年度應稅項目虧損；當期形成虧損的減征、免征所得額項目，也不得彌補當期和以后納稅年度應稅項目所得抵補。
例如，某企業2011年應稅項目所得100萬元，當年取得符合免稅條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益50萬元，發生符合條件的技術轉讓損失為300萬元。該公司2011年發生的技術轉讓損失300萬元，不能用投資收益50萬元進行彌補，只能用以后年度減征、免征所得額來彌補；也不能用應稅項目所得100萬元來彌補，2011年應納企業所得稅＝100×25%＝25（萬元）。另外，除另有規定（企業合并、分立適用特殊性稅務處理時虧損的繼承彌補）外，境內企業之間、境內與境外企業之間、境外企業之間的盈虧不得互抵。但同一國家分支機構之間的盈虧允許互抵。企業在匯總繳納企業所得稅時，境內分支機構之間的盈虧允許互抵，境外同一國家（地區）分支機構之間的盈虧允許互抵，境外不同國家（地區）分支機構之間的盈虧也不得互抵。
資產損失追補確認出現虧損的彌補
《國家稅務總局關于發布〈企業資產損失所得稅稅前扣除管理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2011年第25號）規定，企業因以前年度實際資產損失未在稅前扣除而多繳的企業所得稅稅款，可在追補確認年度企業所得稅應納稅款中予以抵扣，不足抵扣的，向以后年度遞延抵扣。企業實際資產損失發生年度扣除追補確認的損失后出現虧損的，應先調整資產損失發生年度的虧損額，再按彌補虧損的原則，計算以后年度多繳的企業所得稅稅款，并按前款辦法進行稅務處理。
例如，某企業2010年度發生資產損失100萬元，當年未能扣除。2010、2011年度匯算清繳納稅調整后所得分別為80、60萬元，2010年應納稅額＝80×25%＝20（萬元），2011年應納稅額＝60×25%＝15（萬元）。2012年3月，企業向稅務機關申請追補扣除該資產損失。為此，2010年度納稅調整后所得＝80－100＝－20（萬元），無須納稅；2011年度應納稅額＝（60－20）×25%＝10（萬元）。則該企業2010、2011年分別多繳企業所得稅20萬元、5萬元。
查增應納稅所得額彌補以前年度虧損如何處理
《國家稅務總局關于查增應納稅所得額彌補以前年度虧損處理問題的公告》（國家稅務總局公告2010年第20號）規定，稅務機關對企業以前年度納稅情況進行檢查時調增的應納稅所得額，凡企業以前年度發生虧損、且該虧損屬于企業所得稅法規定允許彌補的，應允許調增的應納稅所得額彌補該虧損。彌補該虧損后仍有余額的，按照企業所得稅法規定計算繳納企業所得稅。
例如，某企業經稅務機關檢查后需調增2011年應納稅所得額100萬元，該企業2010年及以前年度存在虧損。假設企業2009年度自行申報虧損100萬，2009年應納稅所得額50萬，彌補以前年度虧損50萬，累計結轉可在以后年度彌補的虧損額50萬元。2012年經稅務稽查應調增2011年度應納稅所得100萬。調增的所得額100萬元可用于彌補以前年度虧損50萬元，盈余的50萬應按適用稅率補繳企業所得稅。
被投資企業的虧損不能在投資方扣除
《國家稅務總局關于企業所得稅若干問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第34號）第五條第二款規定，被投資企業發生的經營虧損，由被投資企業按規定結轉彌補；投資企業不得調整減低其投資成本，也不得將其確認為投資損失。
例如，某公司投資另一企業，持有其30%股權，該公司采取權益法做賬，2011年虧損1500萬元，該公司在會計上調減了450萬元會計利潤。權益法確認的投資收益在稅法上不做收入處理，對應的被投資企業的虧損也不允許在企業所得稅前扣除。因此，該企業450萬元應做納稅調增處理。
清算所得如何彌補企業以前年度虧損
《財政部、國家稅務總局關于企業清算業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]60號）規定，企業清算中應依法彌補虧損，確定清算所得，企業應將整個清算期作為一個獨立的納稅年度計算清算所得。例如，某企業2011年7月停止生產經營，并辦理注銷登記。注銷前企業按規定辦理了2011年度企業所得稅匯繳，申報2011年度納稅調整后所得為－300萬元。2006年~2010年度納稅調整后所得分別為－250萬元、－100萬元、30萬元、50萬元、80萬元。在注銷前，企業按規定辦理清算所得企業所得稅計算申報，清算所得為1000萬元。由于清算期間作為一個納稅年度，2006年度虧損只能在2011年度彌補，尚未彌補的虧損90萬元（250－30－50－80）不能結轉到清算期間彌補。
