第三條規定，企業重組的稅務處理區分不同條件分別適用一般性稅務處理規定和特殊性稅務處理規定。
第四條規定，企業重組，除符合本通知規定適用特殊性稅務處理規定的外，按以下規定進行稅務處理：
（四）企業合并，當事各方應按下列規定處理：
1.合并企業應按公允價值確定接受被合并企業各項資產和負債的計稅基礎。
2.被合并企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。
3.被合并企業的虧損不得在合并企業結轉彌補。
第六條規定，企業重組符合本通知第五條規定條件的，交易各方對其交易中的股權支付部分，可以按以下規定進行特殊性稅務處理：
（四）企業合并，企業股東在該企業合并發生時取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，以及同一控制下且不需要支付對價的企業合并，可以選擇按以下規定處理：
1.合并企業接受被合并企業資產和負債的計稅基礎，以被合并企業的原有計稅基礎確定。
2.被合并企業合并前的相關所得稅事項由合并企業承繼。
3.可由合并企業彌補的被合并企業虧損的限額=被合并企業凈資產公允價值×截至合并業務發生當年年末國家發行的最長期限的國債利率。
4.被合并企業股東取得合并企業股權的計稅基礎，以其原持有的被合并企業股權的計稅基礎確定。
第十一條規定，企業發生符合本通知規定的特殊性重組條件并選擇特殊性稅務處理的，當事各方應在該重組業務完成當年企業所得稅年度申報時，向主管稅務機關提交書面備案資料，證明其符合各類特殊性重組規定的條件。企業未按規定書面備案的，一律不得按特殊重組業務進行稅務處理。
根據上述規定，境內法人A公司吸收合并法人公司B，屬于企業重組。若該重組適用一般性稅務處理規定的，被合并企業B公司的虧損不得在合并企業結轉彌補。
若該重組適用特殊性稅務處理的，被合并企業B公司的虧損可由合并企業按規定計算的金額結轉彌補。適用特殊性稅務處理的，應符合財稅[2009]59號文件第五條規定及企業股東在該企業合并發生時取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，以及同一控制下且不需要支付對價的企業合并。
提交資料見《國家稅務總局關于發布〈企業重組業務企業所得稅管理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2010年第4號）第三章企業重組特殊性稅務處理管理規定。
