根據《財政部、國家稅務總局關于資源綜合利用及其他產品增值稅政策的通知》（財稅[2008]156號），從事BOT項目運營的企業，可以享受如下增值稅稅收優惠：一是銷售再生水收入實行免征增值稅；二是對污水處理勞務免征增值稅；三是以垃圾為燃料生產的電力或者熱力實行增值稅即征即退的政策；四是利用風力生產的電力增值稅實行即征即退50%的政策；五是對銷售自產的綜合利用生物柴油實行增值稅先征后退的政策。
《財政部、國家稅務總局關于調整完善資源綜合利用產品及勞務增值稅政策的通知》（財稅[2011]115號）對農林剩余物資源綜合利用產品增值稅政策進行調整完善，并增加部分資源綜合利用產品及勞務適用增值稅優惠政策。其中，與BOT項目運營有關的稅收優惠是：1.對垃圾處理、污泥處理處置勞務免征增值稅。2.對銷售下列自產貨物實行增值稅即征即退100%的政策：（1）利用工業生產過程中產生的余熱、余壓生產的電力或熱力。（2）以餐廚垃圾、畜禽糞便、稻殼、花生殼、玉米芯、油茶殼、棉籽殼、三剩物、次小薪材、含油污水、有機廢水、污水處理后產生的污泥、油田采油過程中產生的油污泥（浮渣），包括利用上述資源發酵產生的沼氣為原料生產的電力、熱力、燃料。上述政策自2011年8月1日起執行。
營業稅
《財政部、國家稅務總局關于公路經營企業車輛通行費收入營業稅政策的通知》（財稅[2005]77號）規定，自2005年6月1日起，對公路經營企業收取的高速公路車輛通行費收入統一減按3%的稅率征收營業稅。
企業所得稅
《中華人民共和國企業所得稅法》第二十七條明確，企業從事國家重點扶持的公共基礎設施項目投資經營的所得，從事符合條件的環境保護、節能節水項目的所得，可以免征、減征企業所得稅。
企業所得稅法實施條例進一步明確，稅法所稱國家重點扶持的公共基礎設施項目，是指《公共基礎設施項目企業所得稅優惠目錄》規定的港口碼頭、機場、鐵路、公路、城市公共交通、電力、水利等項目。企業從事前款規定的國家重點扶持的公共基礎設施項目的投資經營的所得，自項目取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年免征企業所得稅，第四年至第六年減半征收企業所得稅。
同時明確，稅法所稱符合條件的環境保護、節能節水項目，包括公共污水處理、公共垃圾處理、沼氣綜合開發利用、節能減排技術改造、海水淡化等。企業從事稅法規定的符合條件的環境保護、節能節水項目的所得，自項目取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年免征企業所得稅，第四年至第六年減半征收企業所得稅。
我國各地現在運作的BOT項目主要集中在城市污水處理、供水、修建垃圾焚燒廠、水電站和高速公路建設等領域。由于我國采用BOT方式的時間短，實施的項目較少，國家有關部門也沒有制定統一的操作規范，加上沒有頒布針對BOT方式的法律、法規，因此各地的運作主要是參照國外一些成功的做法和相關的法律法規。
案例
某市水建公司采用BOT模式參與公共基礎設施建設，投資興建污水處理廠。2009年1月開始建設，2010年底完工，2011年1月開始運行生產。該廠總規模為處理污水500萬噸/月，生產中水400萬噸/月。污水處理廠建設總投資6000萬元，工程由市水建公司投資、建設和經營，特許經營期為20年。經營期間，市政府按處理每噸污水付給1元運營費，特許經營期滿后，該污水處理廠將無償移交給政府。
2009年建造期，市水建公司實際發生合同費用3600萬元，預計完成該項目還將發生成本2400萬元。2010年實際發生合同費用2400萬元。
2011年初污水處理廠投產，當年10月處理污水500萬噸，發生污水處理費用及生產中水費用1.68元/噸（不包括特許權攤銷費用）。實際銷售中水400萬噸，每噸1.9元。同時取得污泥處理處置勞務收入50萬元，其他應稅項目收入90萬元，款項均從銀行入賬。當月增值稅進項稅額100萬元已經認證并準予抵扣。
合同完工進度按照累計實際發生的合同成本占合同預計總成本的比例確定，建設期間按實際發生的合同費用確認合同收入，增值稅能夠明確劃分征免稅項目收入成本。計算營業稅、增值稅、企業所得稅等。
1.計算2009年、2010年營業稅（單位：萬元，下同）
（1）2009年
借：工程施工——合同成本 3600
貸：原材料等 3600
借：主營業務成本 3600
貸：主營業務收入 3600
借：營業稅金及附加 118.80
貸：應交稅費——應交營業稅 108
應交稅費——應交城市維護建設稅 7.56
應交稅費——應交教育費附加 3.24。
（2）2010年
確認合同收入＝6000－3600＝2400（萬元）。
確認合同費用＝6000－3600＝2400（萬元）。
確認合同毛利＝0。
借：工程施工——合同成本 2400
貸：原材料等 2400
借：主營業務成本 2400
貸：主營業收入 2400
借：營業稅金及附加 79.20
貸：應交稅費——應交營業稅 72
應交稅費——應交城市維護建設稅 5.04
應交稅費——應交教育費附加 2.16
借：無形資產 6000
貸：工程結算 6000
借：工程結算 6000
貸：工程施工——合同成本 6000。
2.計算2011年10月增值稅
應稅項目銷項稅額＝90×17%＝15.30（萬元）。
借：銀行存款 915.3
貸：主營業務收入 900
應交稅費——應交增值稅（銷項稅額） 15.3。
結轉免稅項目應分攤的進項稅額＝100×（400×1.9＋50）÷（400×1.9＋50＋90）＝90（萬元）。會計分錄：
借：主營業務成本（應分攤的進項稅額） 90
貸：應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出） 90。
當期應納稅額＝15.3－（100－90）＝5.3（萬元）。
借：應交稅費——應交增值稅（轉出未交增值稅） 5.30
貸：應交稅費——未交增值稅 5.30。
3.企業所得稅
當月實現利潤由銷售中水利潤、減免稅補貼收入、分擔投資成本后計算而得。按照稅法規定，該企業從2011年起企業所得稅實行“三免三減半”。當月利潤總額＝400×1.9－500×（1.68－1）＋（137.70－90）－6000÷20＝167.70（萬元）。
需要提醒企業注意的是，在會計核算上，應明確劃分征免稅項目收入、成本，規范財務核算。免稅項目對外銷售時，不得開具增值稅專用發票。
