當前很多境外企業集團出于自身發展的需要，將在國內同一控制下的若干個投資企業整合，這就必然涉及非居民企業股權轉讓的稅收問題。現行稅法規定，非居民企業發生符合特殊性稅務處理規定條件的股權轉讓行為，可以選擇特殊性稅務處理，并向主管稅務機關提交書面備案資料；未備案或備案后經稅務機關調查核實不符合特殊性稅務處理規定條件的，適用一般性稅務處理規定。
同時，企業所得稅法實施條例第十三條規定，企業以非貨幣形式取得的收入，應當按照公允價值確定收入額。對于公允價值的確認，現實工作中存有很多爭議，本文對非居民企業股權轉讓公允價值及股權轉讓所得的確認分析如下。
股權轉讓收入實現時點的確認
企業轉讓股權收入的實現日期應為轉讓協議生效且完成股權變更手續之日。
《國家稅務總局關于貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函〔2010〕79號）第三條規定，企業轉讓股權收入，應于轉讓協議生效、且完成股權變更手續時，確認收入的實現。《企業重組業務企業所得稅管理辦法》（國家稅務總局公告2010年第4號）第七條規定，《財政部、國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕59號）中規定的企業重組，其重組日的確定，按以下規定處理：股權收購，以轉讓協議生效且完成股權變更手續日為重組日。
股權轉讓價格的確認
企業以股權支付方式發生的股權交易行為，在不存在活躍市場報價的，應由具有合法資質的中國資產評估機構按照企業會計準則或相關會計核算、披露的要求出具資產評估報告，并且在規定的使用有效期內，以評估價值作為所轉讓股權的公允價值，確定股權轉讓價格。
其政策依據可參考以下幾個文件：
《企業財務通則》（財政部令第41號）第五十三條規定，企業通過改制、產權轉讓、合并、分立、托管等方式實施重組，對涉及資本權益的事項，應當由投資者或者授權機構進行可行性研究，履行內部財務決策程序，并組織開展以下工作：（四）委托評估機構進行資產評估，并以評估價值作為凈資產作價或者折股的參考依據。
《企業會計準則——基本準則（2006）》（財政部令第33號）第四十二條規定，會計計量屬性主要包括：公允價值。在公允價值計量下，資產和負債按照在公平交易中，熟悉情況的交易雙方自愿進行資產交換或者債務清償的金額計量。
《商務部關于涉及外商投資企業股權出資的暫行規定》（商務部令2012年第8號）第六條規定，用作出資的股權應當經依法設立的境內評估機構評估。第七條規定，股權出資人與被投資企業的股東或其他投資者可在股權評估的基礎上協商確定股權作價金額、股權出資金額。股權作價金額是指以上各方在股權評估基礎上共同認定的用于出資股權的交易作價，股權出資金額是指股權作價金額中計入被投資企業注冊資本的部分，股權出資金額不得高于股權評估值。
《中國資產評估協會關于印發〈以財務報告為目的的評估指南（試行）〉的通知》（中評協〔2007〕169號）第二條規定，本指南所稱以財務報告為目的的評估，是指注冊資產評估師基于企業會計準則或相關會計核算、披露要求，運用評估技術，對財務報告中各類資產和負債的公允價值或特定價值進行分析、估算，并發表專業意見的行為和過程。
股權轉讓所得的確認
企業的股權轉讓交易按照財稅〔2009〕59號文件的相關規定進行稅務處理時，應以公允價值作為股權轉讓價，減除股權成本價后的差額確認股權轉讓所得。
在計算股權轉讓所得時，以非居民企業向被轉讓股權的中國居民企業投資時或向原投資方購買該股權時的幣種計算股權轉讓價和股權成本價。申報扣繳企業所得稅時，應當按照扣繳當日國家公布的人民幣匯率中間價，折合成人民幣計算應納稅所得額。 |
