六、主管稅務機關對相關信息資料進行審核分析后，認為相關間接轉讓交易不具有合理商業目的，需要進行立案調查及調整的，應填制《特別納稅調整立案審核表》，附立案報告及有關資料，將分析意見以及分管局領導審核意見通過特別納稅調整案件管理系統，層報省稅務機關復核同意后，報稅務總局申請立案。
七、主管稅務機關對相關信息資料進行審核分析后，認為相關間接轉讓交易不涉及直接轉讓中國居民企業股權等財產的情況，應形成情況分析報告，并按本規程規定將相關資料歸檔。
八、股權轉讓方通過直接轉讓同一境外企業股權導致間接轉讓兩項以上中國應稅財產，涉及兩個以上主管稅務機關的，間接轉讓中國應稅財產的交易雙方或者被間接轉讓股權的中國居民企業選擇向其中一個主管稅務機關提交《公告》第九條規定的相關資料時，該主管稅務機關負責本規程第四條、第五條、第六條和第七條規定的各項相關工作。
該主管稅務機關認為不需要啟動立案調查及調整的，如該間接轉讓財產交易跨地市，應將情況分析報告通過特別納稅調整案件管理系統上報省稅務機關審核；如該間接轉讓財產交易跨省，該主管稅務機關應將情況分析報告通過特別納稅調整案件管理系統層報稅務總局審核。經審核，不需要進行立案調查的，按本規程規定將相關資料歸檔。
該主管稅務機關認為或者稅務總局、省稅務機關經審核認為需要進行立案調查的，稅務總局、省稅務機關可以視案情指定牽頭單位和協調單位進行聯合調查。
九、主管稅務機關應在稅務總局同意立案之日起9個月內完成案件的審理工作。形成案件不予調整或者初步調整方案的意見和理由，填制《特別納稅調整結案審核表》，附結案報告及有關資料，經分管局領導審核后通過特別納稅調整案件管理系統層報省稅務機關。省稅務機關應組成案件復核小組，對案件進行復核，復核同意后，呈報稅務總局申請結案。
對涉及的重大案件，稅務總局確定啟動重大案件會審機制的，將組成會審小組開展會審工作。會審小組由至少5名成員組成，具體人員從非居民稅收管理人才庫中指定，同時指定一名稅務總局人員組織協調會審工作。
十、主管稅務機關應當就稅務總局對其結案申請形成的審核意見，分別以下情況進行處理：
（一）對同意結案申請不予調整方案的，向被調查企業下發《特別納稅調查結論通知書》；
（二）對同意結案申請初步調整方案的，向被調查企業下發《特別納稅調查初步調整通知書》；
（三）對不同意結案申請處理意見的，按照稅務總局的意見修改后再次層報審核。
被調查企業在收到《特別納稅調查初步調整通知書》之日起7日內未提出異議的，主管稅務機關應下發《特別納稅調查調整通知書》。
被調查企業在收到《特別納稅調查初步調整通知書》之日起7日內提出異議，主管稅務機關經審議后不予采納的，應下發《特別納稅調查調整通知書》；主管稅務機關經審議后認為確需對調整方案進行修改的，應將修改后的調整方案層報省稅務機關復核同意后，報稅務總局再次申請結案。
十一、主管稅務機關應及時跟蹤稅款、利息、滯納金入庫情況。對于扣繳義務人或者股權轉讓方按照《公告》規定扣繳或者繳納的稅款，以及經立結案調整的稅款，在稅款入庫后30日內，通過特別納稅調整案件管理系統層報稅務總局，并將相關稅款入庫信息填入《非居民企業稅收收入情況統計表》。
十二、主管稅務機關應在調查調整工作結束后，將工作過程中形成的文書、工作底稿、證據等材料，按相關規定集中歸檔。稅務機關內部需要調閱的，應嚴格執行檔案轉出、接收和調閱手續。
各級稅務機關在調查調整工作中獲取的信息資料和調查調整情況應按有關規定履行保密義務。
十三、主管稅務機關應根據稅務總局結案申請審核意見，分析各案件的具體情況，總結案件的風險點以及應對措施，形成具體案例材料，通過可控FTP“CENTER/國際稅務司/非居民稅收管理處/間接轉讓財產案例”文件夾，層報稅務總局（國際稅務司）。
十四、對于《公告》實施前未辦結案件，包括已上報稅務總局，但未形成處理意見的案件，按照本規程規定的立結案流程進行處理。
十五、本規程自印發之日起執行。
