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2015年10月1日起，“三證合一”在全國范圍內實施，新設立企業、農民專業合作社領取由工商行政管理部門核發加載法人和其他組織統一社會信用代碼的營業執照后，無需再次進行稅務登記，不再領取稅務登記證。但“三證合一”并不是簡單地“合”，以下三個方面的稅務風險不能忽視。
日常管理
“三證合一”后，無需辦理稅務登記，稅務登記信息與工商、質檢等部門的注冊登記信息比對分析也將不存在，但并不意味著稅務機關放棄或放松日常監管，稅務機關將完善相關法規政策，加強后續管理。
《國家工商行政管理總局、國家稅務總局關于做好“三證合一”有關工作銜接的通知》（工商企注字〔2015〕147號）規定，企業登記機關新設登記、變更登記（備案）后，將其基本登記信息、變更登記（備案）信息即時共享到省級信息共享交換平臺。稅務機關確認納稅人信息后，將該稅務主管機關全稱即時共享到交換平臺。這樣，稅務與工商部門共享“一照一碼”注冊登記信息。
稅務機關對接收的新登記注冊戶應開展納稅身份甄別，確認負有納稅義務的，及時納入稅收管理。
發票管理
“三證合一”后，一些涉稅信息如稅種、票種登記等需要稅務機關補錄，才能納稅申報和購買發票，納稅人與稅務機關接觸最多的可能是申領發票，發票管理將取代稅務登記，成為整個稅收管理的基礎。
《國家稅務總局關于創新稅收服務管理若干問題的意見》（稅總發〔2014〕85號）規定，初次申領普通發票數量應控制在一個月用量或省稅務機關確定的初次領用數量范圍內。對納稅信用好、稅收風險低的納稅人可適當放寬，但最多不得超過省稅務機關確定的最高領用數量，省稅務機關未確定最高領用數量的，最多不得超過三個月使用量。對新開業的一般納稅人，稅務機關可按照納稅人生產經營規模、經營模式、行業特點、開具發票特殊性等因素設置增值稅專用發票基本月供應量，申領超過基本月供應量的納稅人，需向稅務機關提供相關證明材料。對小規模納稅人（包括個體工商戶）第一次申請發票增量時，可以要求其法定代表人或者財務負責人到場。對新增納稅人已領用發票卻未及時申報等情況，采取停止供應發票、實地核查等應對措施。對列入企業異常名錄的納稅人采取停供發票措施。同時，稅務機關對專用發票系統進行升級，而且推行電子發票，可以通過網絡實時監控和掌握納稅人的發票開具信息。
“黑名單”管理
“三證合一”后，稅務機關應當分類處理納稅人清稅申報，根據企業經營規模、稅款征收方式、納稅信用等級指標進行風險分析，對風險等級低的當場辦結清稅手續；對于存在疑點情況的，企業也可以提供稅務中介服務機構出具的鑒證報告。稅務機關在核查、檢查過程中發現涉嫌偷、逃、騙、抗稅或虛開發票的，或者需要進行納稅調整等情形的，辦理時限自然中止。在清稅后，經舉報等線索發現少報、少繳稅款的，稅務機關將相關信息傳至登記機關，納入“黑名單”管理，將影響企業信用。 | 
