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國家為鼓勵農業生產，對農產品執行低稅率，并規定農業生產者銷售自產農產品免征增值稅。增值稅環環抵扣，具有傳導機制，國家對上游的初級農產品免稅，如果不進行政策上的特殊規定，最直接的結果會導致下游企業沒辦法抵扣進項稅或高征低抵，多繳增值稅，整體看就是稅負轉移，而不是扶持農業了。對于購進農產品抵扣進項稅，一種是憑票抵扣，一種是核定扣除。憑票抵扣又分根據票面稅額抵扣、計算抵扣。本文主要圍繞憑票抵扣，關于核定扣除，會在另外一篇文章中進行總結歸納。
一、什么是農產品？
《財政部 國家稅務總局關于簡并增值稅稅率有關政策的通知》（財稅〔2017〕37號）附件1《適用11%增值稅稅率貨物范圍注釋》第一條規定，農產品，是指種植業、養殖業、林業、牧業、水產業生產的各種植物、動物的初級產品。具體征稅范圍暫繼續按照《財政部 國家稅務總局關于印發〈農業產品征稅范圍注釋〉的通知》（財稅字〔1995〕52號）及現行相關規定執行，并包括掛面、干姜、姜黃、玉米胚芽、動物骨粒、按照《食品安全國家標準—巴氏殺菌乳》（GB19645—2010）生產的巴氏殺菌乳、按照《食品安全國家標準—滅菌乳》（GB25190—2010）生產的滅菌乳。
二、購進農產品的可以抵扣的憑證種類
購進農產品可以抵扣的憑證有：增值稅專用發票、海關進口增值稅專用繳款書、從農業生產者（含農民專業合作社）購入免稅農產品取得的農產品收購發票或者銷售發票。
政策依據
《財政部 國家稅務總局關于農民專業合作社有關稅收政策的通知》（財稅〔2008〕81號）第一條規定，對農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品免征增值稅。
農業生產者銷售自產農產品免征增值稅，不能開具專用發票，所以農產品收購發票或者銷售發票都是增值稅普通發票。農產品銷售發票，是指農業生產者銷售自產農產品適用免征增值稅政策而開具的普通發票。農產品收購發票是收購方自己開給自己的，發票左上角自動打印“收購”字樣，納稅人只能是向農業生產者個人購買自產農產品才能開具，向從事農業生產的自然人以外的單位和個人購進農產品，應索取發票，不能自行開具農產品收購發票。農產品銷售發票和收購發票作為扣稅憑證，僅限于納稅人從農業生產者購入的自產免稅農產品，自開的農產品收購發票或農業生產者開具的銷售發票。
政策依據
《關于簡并增值稅稅率有關政策的通知》（財稅〔2017〕37號）規定，《中華人民共和國增值稅暫行條例》第八條第二款第（三）項和本通知所稱銷售發票，是指農業生產者銷售自產農產品適用免征增值稅政策而開具的普通發票。
《國家稅務總局關于全面推行增值稅發票系統升級版有關問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第19號）第二條第（五）項規定，納稅人使用增值稅普通發票開具收購發票，系統在發票左上角自動打印“收購”字樣。
目前可以開具農產品免稅發票的情形有六種：一是農業生產者銷售的自產農產品；二是農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品；三是采取”公司＋農戶“經營模式銷售畜禽；四是制種企業在特點生產經營模式下生產銷售種子；五是對從事蔬菜批發、零售的納稅人銷售的蔬菜；六是從事農產品批發、零售的納稅人銷售的部分鮮活肉蛋產品。
前四種都屬于農業生產者銷售自產農業產品，取得這四種免稅發票，可以按農產品銷售發票抵扣進項稅。后兩種情形屬于流通環節對蔬菜、鮮活肉蛋的免稅發票，不能抵扣進項稅。
政策依據
《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十五條第（一）項規定，農業生產者銷售的自產農產品免征增值稅。
財稅〔2008〕81號第一條規定，對農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品免征增值稅。第二條規定，增值稅一般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農業產品，可按13%（注：現為9％）的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額。
國家稅務總局公告2013年第8號規定，一些納稅人采取“公司＋農戶”經營模式從事畜禽飼養，即公司與農戶簽訂委托養殖合同，向農戶提供畜禽苗、飼料、獸藥及疫苗等(所有權屬于公司)，農戶飼養畜禽苗至成品后交付公司回收，公司將回收的成品畜禽用于銷售。在上述經營模式下，納稅人回收再銷售畜禽，屬于農業生產者銷售自產農產品，應根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》的有關規定免征增值稅。
國家稅務總局公告2010年第17號規定，制種企業在下列生產經營模式下生產銷售種子，屬于農業生產者銷售自產農業產品，應根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》有關規定免征增值稅：制種企業利用自有土地或承租土地，雇傭農戶或雇工進行種子繁育，再經烘干、脫粒、風篩等深加工后銷售種子。制種企業提供親本種子委托農戶繁育并從農戶手中收回，再經烘干、脫粒、風篩等深加工后銷售種子。
財稅〔2011〕137號第一條規定，對從事蔬菜批發、零售的納稅人銷售的蔬菜免征增值稅。
財稅〔2012〕75號第一條規定，對從事農產品批發、零售的納稅人銷售的部分鮮活肉蛋產品免征增值稅。
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