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建筑業的差額征稅是原先營業稅時代，建筑行業重要的流轉稅政策。嚴格來看，建筑業改為增值稅后，按照一般征收的原則，應該不需要保留差額征稅的政策，直接按銷項稅-進項稅即可。但是，基于如下幾方面原因，營改增后，建筑行業在增值稅下仍存在如下幾種情況下的簡易征稅（類似營業稅總額征稅的方法），因此，差額征稅政策仍然需要保留：
1、開工日期在2016年5月1日前建筑工程老項目；
2、新項目中的甲供工程；
3、新項目中的清包工；
4、建筑工程總承包單位為房屋建筑的地基與基礎、主體結構提供工程服務，建設單位自行采購全部或部分鋼材、混凝土、砌體材料、預制構件的，適用簡易計稅方法計稅；
5、除此之外，無論是建筑業一般計稅，還是簡易計稅，如果屬于異地工程需要在外地預繳增值稅時，也涉及到差額后預繳問題，即建筑業異地預繳，需要按照其取得全部價款和價外費用減去支付的分包款，分別按2%（一般計稅）或3%（簡易計稅）在異地預繳增值稅。
這次的31號公告進一步明確了建筑業分包差額征稅的扣除問題，即：
納稅人提供建筑服務，按照規定允許從其取得的全部價款和價外費用中扣除的分包款，是指支付給分包方的全部價款和價外費用。
而總局針對31號公告的解讀中，進一步說明了出臺這條規定的原因實際上主要就是要解決建筑業增值稅分包差額征稅中，貨物價款能否扣除的問題。
實際上，這個問題在原先營業稅下就一直存在，《國家稅務總局關于納稅人銷售自產貨物提供增值稅勞務并同時提供建筑業勞務征收流轉稅問題的通知》（國稅發[2002]117號）專門就明確過這個問題。后期這條規定被納入了2009年修訂實施的《增值稅暫行條例實施細則》和《營業稅暫行條例實施細則》中，同時，國家稅務總局在2011年又專門出臺了13號公告明確了其中的一些操作細則。
營改增后，對于建筑業增值稅差額征稅中涉及貨物價款扣除的問題一直沒有明確，各地征管執行口徑不一，終于總局在2019年31號公告中明確了。不過對照過往政策，31號公告寫得比較簡單，我們認為，實際執行又應該要把握如下幾方面問題：
一、貨物差額扣除不僅適用于簡易計稅也適用于異地預繳
我們前面就分析過，在增值稅一般征收中不涉及差額征稅，只有在簡易計稅中才涉及差額。而在建筑異地工程的預繳機制中，則不管是一般計稅還是簡易計稅，都涉及到差額預繳的問題。我們認為，31號公告中關于差額征稅中，可以扣除支付給分包方的價款包括貨物價款，應該不僅包括簡易計稅方法，還包括一般計稅中異地預繳中的差額預繳。這個問題江蘇省稅務局是非常明確的。早在總局2019年31號公告出臺之前，乃至國地稅合并前，江蘇省國稅局就出臺了《江蘇省國稅局關于建筑服務增值稅差額扣除有關問題的處理意見》，其中就明確了分包貨物價款的扣除問題。該處理意見中明確規定了簡易計稅的差額和異地預繳的差額中，都允許扣除支付給分包方的貨物款項。
二、施工企業自購貨物、設備租賃款能否差額扣除
很多人在爭議第二個問題，就是施工企業差額征稅時，能否扣除自己采購的貨物或者設備租賃款。我們認為，這個爭議是沒有把握31號公告的精神導致的。31號公告中講的差額扣除是指支付給分包方的分包款，即這里涉及的貨物的差額扣除必須是建筑分包合同中涉及的貨物。
對比營業稅的規定，實際上銷售自產貨物提供建筑勞務分別征稅，原先都是強調一點即分包方必須“建設行政部門批準的建筑業施工（安裝）資質”。如果31號公告中也包含這條規定的話，這類爭議應該就不會發生了。因為如果是施工企業自購貨物或租賃設備，下游的貨物銷售方和設備租賃方并無建筑施工資格，和施工企業簽訂的也不是建筑分包合同，也就不涉及差額扣除問題了。
而真正麻煩的問題在于分包方和總包方開票和總包方和建設單位開票之間的差異，從而導致差額征稅與進項抵扣的重疊問題，這個問題在EPC工程和類似其他交鑰匙工程中很常見：
在EPC工程和交鑰匙工程中，往往是設備、安裝和土建工程結合在一起。此時，總包方會將專業工程分包。但是，在實際開票中會出現兩種情況：
第一種情況就是分包方分別就設備和建安給總包方開具了貨物銷售發票+建筑安裝發票。但是，總包方就這部分最終給建設單位開票的時候直接就含在建筑業總價款中開具的建筑安裝發票。此時，如果整個建安工程選擇的是一般征收，總包方在異地就分包工程差額預繳增值稅時，就應該按扣除貨物和建安分包的價款差額。如果整個建筑工程選擇的是簡易征收，則總包方無論是異地預繳還是最后差額納稅，也是扣除分包方貨物和建安分包款。
第二種情況是分包方分別就設備和建安給總包方開具了貨物銷售發票+建筑安裝發票。但是，總包方最終給建設單位開票時，就分包方給總包方的這部分貨物（主要是設備）也是單獨開具的貨物發票給建設單位，剩余的開具了建筑安裝發票給建設單位。這種情況下，實際上對于分包方貨物價款部分，總包方是按貨物轉售方式和建設單位結算了。此時，如果整個建安工程選擇一般征收，總包方異地預繳增值稅差額扣除時，就只應該扣除建安價款，不能扣除貨物價款。如果整個建筑工程選擇是簡易征收，無論是異地預繳還是最終差額納稅，扣除的也只能是分包方的建安價款，而不能包括貨物價款。
這一點江蘇省國稅已經注意到了。在《江蘇省國稅局關于建筑服務增值稅差額扣除有關問題的處理意見》中有規定：總包方取得分包方開具的增值稅專用發票，并且已經按照36號文規定的差額扣除計算銷售額政策申報繳納增值稅的，不得就同一張發票重復計算進項稅抵扣。
這個實際征管其實是很難區分的。因為在很多EPC工程和交鑰匙工程中，總包方既有自行的設備采購和安裝，也有專業工程分包。分包方和總包方開具貨物票+建安票的情況下，總包方也會給建設單位開貨物票+建安票。但總包方給建設單位開的貨物票有可能是自己采購的設備，也可能包含分包方給總包方開的貨物票進行按轉售處理的貨物。
那如何進行有效區分呢？一個可行的征管辦法是，對于分包中涉及的貨物發票，必須在貨物發票的備注欄中注明“建筑勞務發生地所在縣（市、區）和項目名稱”，這樣才能和總包方與建設單位的結算中進行比對管理，查看總包方對于這部分備注“建筑勞務發生地所在縣（市、區）和項目名稱”貨物銷售發票，最終是開具建筑安裝發票給建設單位還是開具的貨物銷售發票給建設單位，如果對應分包方開給總包方的這部分貨物發票，總包方是按轉售開具同樣的貨物發票給建設單位的，則這部分貨物發票是不能差額扣除的。
這種做法我們看到在青島、江蘇國稅的相關征管意見中已經有明確，這種做法也是完全必要的。
三、分包差額扣除是否一定要把握合法性問題
這個問題實際上在原先營業稅下就存在。第一個就是分包工程中是否和過去一樣強調分包方必須具有建筑業施工（安裝）資質。如果分包方沒有建筑業施工（安裝）資質，但開出來了建筑安裝發票，能否差額扣除。其次就是違法分包（轉包）能否差額扣除。按照《建筑法》規定，建筑工程總承包單位可以將承包工程中的部分工程發包給具有相應資質條件的分包單位，且禁止分包單位將其承包工程再分包。如果實踐中出現了違法分包或轉包的情形，能否給予增值稅分包差額扣除，這個也是原先營業稅一直有爭議的，這個問題在增值稅下繼續存在。鑒于各個部門都有自己的職責范圍，稅務機關不應自行認定違法分包或轉包而否定納稅差額扣除稅收待遇。即使相關建筑主管部門認定了違法分包、轉包的，如果過往合同已經履行的，我們也不建議去否定納稅人的差額征稅待遇，畢竟稅法并沒強調違法分包、轉包不能差額扣除。
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