3.如果納稅人取得的增值稅專用發票、海關繳款書已經超過規定的180日抵扣期限的，可以按照《國家稅務總局關于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第50號）規定中屬于稅務機關原因造成的問題，允許納稅人辦理逾期抵扣手續，逐級審核、上報至稅務總局，經稅務總局稽核比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續申報抵扣其進項稅額。
4.如果納稅人取得的是增值稅專用發票、海關繳款書以外的其它增值稅抵扣憑證，允許納稅人按照現行增值稅規定繼續申報抵扣其進項稅額。
三、跨境服務增值稅納稅申報的調整
納稅人應在跨境服務銷售額、進項稅額重新確認后的第一個納稅申報期內，按照如下要求進行增值稅納稅申報：
（一）對申報稅款所屬期內納稅人實際發生的增值稅業務，應按照現行增值稅規定填寫《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》主表及附表。
（二）將“應調增的征稅銷售額”區別不同應稅服務項目所適用的增值稅稅率或者征收率，分別填寫在《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》的《增值稅納稅申報表附列資料（一）》第2、4、5、12行的第3列“開具其他發票銷售額”中,第7、15行的第9列“合計銷售額”中；將“應調減的征稅銷售額”區別不同應稅服務項目所適用的增值稅稅率或者征收率，以負數分別填寫在《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》的《增值稅納稅申報表附列資料（一）》第2、4、5、12行的第3列“開具其他發票銷售額”中,第7、15行的第9列“合計銷售額”中。
（三）將“應調增的免稅銷售額”填寫在《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》的《增值稅納稅申報表附列資料（一）》第19行“四、免稅”“應稅服務”的第3列“開具其他發票銷售額”中；將“應調減的免稅銷售額”以負數填寫在《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》的《增值稅納稅申報表附列資料（一）》第19行“四、免稅”“應稅服務”的第3列“開具其他發票銷售額”中。
（四）將“應轉出的進項稅額”填寫在《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》的《增值稅納稅申報表附列資料（二）》第14行“其中：免稅項目用”中；將準予抵扣的“應抵扣的進項稅額”以負數填寫在《增值稅納稅申報表（一般納稅人適用）》的《增值稅納稅申報表附列資料（二）》第14行“其中：免稅項目用”中。
四、跨境服務多繳稅款的操作處理
對納稅人按照以上操作要求調整其增值稅納稅申報后形成了增值稅進項留抵稅額增加的，按照以下原則處理：
（一）對納稅人既從事跨境服務免稅業務，又從事其它增值稅應稅業務的，原則上對上述增加的進項留抵稅額不予辦理退稅，由納稅人用于抵減以后的增值稅應納稅額。
（二）對納稅人只從事跨境服務免稅業務，不從事其它增值稅應稅業務的，對上述增加的進項留抵稅額準予辦理增值稅退稅，但是退稅額應小于或者等于該納稅人原自行確認征稅銷售額當期實際繳納的增值稅稅款。主管稅務機關應抓緊時間為納稅人辦理上述增值稅退稅手續。
增值稅小規模納稅人操作
一、跨境服務銷售額的重新確認
按照財稅〔2013〕37號、稅務總局公告2013年第52號和市局公告的有關規定和要求，對納稅人在2012年9月1日至市局公告發布之前提供跨境服務已經自行確認并申報的免稅銷售額或者征稅銷售額的有關情況進行如下重新確認：
（一）確認按規定應屬于免稅銷售額，但納稅人已按照征稅銷售額申報的累計數，同時確認為：“應調增的免稅銷售額”以及“應調減的征稅銷售額”。
（二）確認按規定應屬于征稅銷售額，但納稅人已按照免稅銷售額申報的累計數，同時確認為：“應調增的征稅銷售額”以及“應調減的免稅銷售額”。
二、跨境服務增值稅納稅申報的調整
納稅人應在跨境服務銷售額重新確認后的第一個納稅申報期內，按照如下要求進行增值稅納稅申報：
（一）對申報稅款所屬期內納稅人實際發生的增值稅業務，應按照現行增值稅規定填寫《增值稅納稅申報表（小規模納稅人適用）》主表及附表。
（二）將“應調增的征稅銷售額”填寫在《增值稅納稅申報表（小規模納稅人適用）》主表第1行“（一）應征增值稅不含稅銷售額”的“應稅服務”本期數中；將“應調減的征稅銷售額”以負數填寫在《增值稅納稅申報表（小規模納稅人適用）》主表第1行“（一）應征增值稅不含稅銷售額”的“應稅服務”本期數中。
（注：如納稅人按照本方法計算填寫申報表，造成《增值稅納稅申報表（小規模納稅人適用）》主表第1行“（一）應征增值稅不含稅銷售額”的“應稅服務”本期數欄為負數（以下稱“負數應稅銷售額”）而無法填寫的，則納稅人將該欄填寫為“0”，并向主管稅務機關申請辦理退稅。）
（三）將“應調增的免稅銷售額”填寫在《增值稅納稅申報表（小規模納稅人適用）》主表第8行“（四）出口免稅銷售額”的“應稅服務”本期數中；將“應調減的免稅銷售額”以負數填寫在《增值稅納稅申報表（小規模納稅人適用）》主表第8行“（四）出口免稅銷售額”的“應稅服務”本期數中。
（注：如納稅人按照本方法計算填寫申報表，造成《增值稅納稅申報表（小規模納稅人適用）》主表第8行“（四）出口免稅銷售額”的“應稅服務”本期數欄為負數而無法填寫的，則納稅人將該欄填寫為“0”。）
三、跨境服務多繳稅款的操作處理
對納稅人按照上述方法計算填寫申報表，產生“負數應稅銷售額”，納稅人將該欄填寫為“0”的，主管稅務機關應為納稅人辦理增值稅退稅，應退增值稅稅額按照以下方法計算：
應退增值稅稅額=“負數應稅銷售額”數×（-1）×3%
主管稅務機關為納稅人辦理增值稅退稅額應小于或者等于該納稅人原自行確認征稅銷售額當期實際繳納的增值稅稅款。主管稅務機關應抓緊時間為納稅人辦理上述增值稅退稅手續。
