本案例中，稅務機關能否按查賬征收方式查補稅款呢？筆者認為，應該將其2010年征收方式變更為查賬征收，并按查賬征收方式計算的金額要求甲公司補繳稅款。理由如下：
1.甲公司作為匯總納稅企業，本來就不得核定征收企業所得稅。
（1）什么是匯總納稅企業？
企業所得稅法第五十條規定，居民企業在中國境內設立不具有法人資格的營業機構的，應當匯總計算并繳納企業所得稅。《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發〔2008〕28號）規定，居民企業在中國境內跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市）設立不具有法人資格的營業機構、場所的，該居民企業為匯總納稅企業。本案例中，甲公司設立了跨省的非法人分支機構A分公司和B分公司，顯然屬于匯總納稅企業。
（2）匯總納稅企業不得核定征收。
《國家稅務總局關于印發〈企業所得稅核定征收辦法〉（試行）的通知政策》（國稅發〔2008〕30號）第三條規定，特殊行業、特殊類型的納稅人和一定規模以上的納稅人不適用本辦法。上述特定納稅人由國家稅務總局另行明確。《國家稅務總局關于企業所得稅核定征收若干問題的通知》（國稅函〔2009〕377號）對國稅發〔2008〕30號文件第三條第二款所稱“特定納稅人”作了明確，其中包括匯總納稅企業。
因此，甲公司作為匯總納稅企業，是國家稅務總局明文禁止可以采取核定征收方式征收企業所得稅的納稅人，本來就不得對其采取核定征收方式征收企業所得稅。
2.稅務機關可以對甲公司按規定追繳稅款。
（1）因稅務機關的責任造成納稅人少繳稅款的，3年內可要求納稅人補繳。
稅收征管法第五十二條規定，因稅務機關的責任，致使納稅人、扣繳義務人未繳或者少繳稅款的，稅務機關在3年內可以要求納稅人、扣繳義務人補繳稅款，但是不得加收滯納金。稅收征管法實施細則第八十條規定，稅收征管法第五十二條所稱稅務機關的責任，指稅務機關適用稅收法律、行政法規不當或者執法行為違法。
（2）本案例中是否存在稅務機關的責任？
國稅發〔2008〕30號文件規定，主管稅務機關要嚴格按照規定的范圍和標準，確定企業所得稅的征收方式，不得違規擴大核定征收企業所得稅范圍。本案例中，稅務機關對甲公司核定征收企業所得稅，顯然屬于違規擴大核定征收企業所得稅范圍的行為，違反了國家稅務總局的規定。稅務機關的行為，應該屬于稅收征管法實施細則第八十條規定的執法行為違法，屬于稅務機關的責任，由于從2010年～2012年3月未超過3年，因此稅務機關除了應將甲公司2010年度的征收方式變更為查賬征收外，可以同時要求納稅人補繳稅款，但是不得加收滯納金。
需要注意的是，除了本案例中的匯總納稅企業外，國家稅務總局明文規定不得核定征收的企業還有上市公司、金融企業、經濟鑒證類社會中介機構、享受企業所得稅法及其實施條例和國務院規定的一項或幾項企業所得稅優惠政策的企業（不包括僅享受企業所得稅法第二十六條規定免稅收入優惠政策的企業）以及國家稅務總局規定的其他企業等。
納稅條件發生變化應及時申報調整
符合規定實行核定征收的企業，如果納稅條件發生改變，卻不及時向稅務機關申報調整，也會產生涉稅風險。
國稅發〔2008〕30號文件第九條規定，納稅人的生產經營范圍、主營業務發生重大變化，或者應納稅所得額或應納稅額增減變化達到20％的，應及時向稅務機關申報調整已確定的應納稅額或應稅所得率。
以上述案例為例，如果甲公司不屬于明文禁止核定征收的企業，其仍然需要按核定征收方式補繳金額較大的稅款。其2010年利潤率為1.1÷5.3×100%＝20.75%，不考慮納稅調整的影響，其實際應納稅所得額為1.1億元，與其實際申報的應納稅所得額53000×8%＝4240（萬元）相比，增長（11000-4240）÷4240×100%＝159%，遠遠超過增長比例20%。因此，納稅人應及時向稅務機關申報調整已確定的應稅所得率。如果該企業實際應稅所得率超過20%，就應按照國家稅務總局對建筑業應稅所得率最高限20%執行，計算出的應納稅所得額為53000×20%＝10600（萬元），應納企業所得稅10600×25%＝2650（萬元），應申報補繳企業所得稅2650-1060＝1590（萬元）。
綜上所述，上述案例中，甲公司屬于明文禁止核定征收的范圍，稅務機關應該將其2010年企業所得稅征收方式變更為查賬征收，并可以按查賬征收方式計算的金額要求甲公司補繳企業所得稅1690萬元。如果案例中的甲公司不屬于國家稅務總局明文禁止核定征收的范圍，納稅人應該申報調整2010年的應稅所得率，并按調整后的應稅所得率，申報補繳企業所得稅1590萬元。因此，對于事實上核定征收的企業，無論其是否違規核定，都有可能存在潛在的涉稅風險，應引起核定征收企業的重視。
