關鍵字眼：實質性運營
如何構建“實質性運營”？一般來說，實質性運營需要在自貿港建立實體運營團隊，配置辦公場所，建立與其所獲得利潤水平相匹配的業務功能。但這在“量”上應如何把控，《總體方案》并未給予具體指引。
相信未來稅務機關將針對企業如何獲取15%的企業所得稅優惠稅率給予進一步說明，但從方向上看，如果企業希望投資于自貿區并享受自貿區優惠企業所得稅稅率，則需要考慮在海南開展實際業務的可行性。
在海南開展實際業務的其中一個重要要素即為“人”。如果集團公司計劃將目前集團內某一些功能遷移至海南自貿港的企業，在較為理想的情形下，可將現有員工的勞動合同關系遷至自貿港企業，使得自貿港企業建立業務團隊和業務實質，從而享受企業所得稅優惠稅率。
然而，在現實情況下，這一安排需要綜合考慮員工對于實際工作地點、生活地點、社保繳納地點等意愿，企業需要提前與員工進行溝通，評估可行性。
安永提醒：
如果設立于自貿區的享受15%企業所得稅優惠稅率的企業，與其他適用25%企業所得稅法定稅率的關聯公司進行交易，需特別關注關聯交易的公允性和合理性。
個人所得稅
相較于如上海自貿區臨港新片區等對符合條件的境外人才個人所得稅稅負差額部分給予補貼的政策，至2025年前，海南自貿港對高端和緊缺人才個人所得稅實際稅負超過15%的部分予以直接免征。
此外，至2035年前，將對一個納稅年度內在海南自貿港累計居住滿183天的個人，其來源于海南自貿港范圍內的綜合所得和經營所得，按照3%、10%、15%三檔超額累進稅率征收個人所得稅。整體而言，海南自貿港的個人所得稅政策稅率更低、優惠力度更大。
減-簡并稅種
《總體方案》提出，在全島封關運作的同時，依法將現行增值稅、消費稅、車輛購置稅、城市維護建設稅及教育費附加等稅費進行簡并，啟動在貨物和服務零售環節征收銷售稅相關工作。
這一新的銷售稅稅制與目前的增值稅稅制在征稅原則，征稅環節上有著本質的區別。目前增值稅在貨物/服務流轉環節環環征收，而銷售稅可能會在零售環節征收。如果未來在海南自貿港實施銷售稅，而在區外繼續實施增值稅稅制，這可能會對企業的供應鏈安排、定價等方面帶來影響。
安永提醒：企業，特別是企業集團，需要針對自貿港內企業適用簡并后銷售稅后對于供應鏈、成本、定價以及整體稅負的影響進行提前測算，以充分享受這一稅制簡并帶來的紅利。
除÷消除壁壘
根據《總體方案》，海南自貿港未來將實施全島封關運作。雖然稱做“全島封關”，實際上，卻是開辟了一片新的貿易自由之地。全島封關后，在海南自由貿易港與我國關境外其他國家和地區之間設立“一線”，在海南自由貿易港與我國關境內的其他地區之間設立“二線”，實施“一線放開，二線管住”的海關監管政策。
全島封關之前，將通過清單管理的方式，對島內企業的生產資料、原輔料、交通工具及島內居民的消費品進入“一線”免除關稅。全島封關后，除了極少數產品外，其余所有產品進入“一線”時免除進口關稅。
同時，對于進入“二線”的商品，采取“原產地”原則，即“原則上按進口規定辦理相關手續，照章征收關稅和進口環節稅。對鼓勵類產業企業生產的不含進口料件或者含進口料件在海南自由貿易港加工增值超過30%（含30%）的貨物，經“二線”進入內地免征進口關稅，照章征收進口環節增值稅、消費稅”。
也就是說，對于鼓勵類產業企業的貨物，如果使用了進口料件同時在自貿港加工增值不少于30%，那么該貨物從“一線外”進入“二線內”的整個鏈條中都將無關稅稅負。
除了關稅，海南自由貿易港建設的制度設計又主要圍繞“6 1 4”，其中的“6”，更強調貿易自由便利、投資自由便利、跨境資金流動自由便利、人員進出自由便利、運輸來往自由便利、數據安全有序流動。
乘×疊加享受
海南自貿港的稅收優惠政策并非相互獨立、互不影響，而是可以疊加享受，從而擴大政策紅利的效應，實現1 1大于2。
企業所得稅*個人所得稅
根據上述企業所得稅及個人所得稅的優惠政策，如果在自貿港設立的企業，通過雇傭“高端和緊缺人才”在自貿港工作，一方面有助于為海南自貿港企業建立業務實質，從而享受企業所得稅優惠稅率，另一方面，員工個人也有機會享受個人所得稅優惠稅率，這又激勵了員工在海南自貿港工作的意愿；這對于企業、員工個人以及海南自貿港實體經濟的發展將會實現多贏的局面。
企業所得稅*零關稅
海南的“零關稅”政策下，對鼓勵類產業企業生產的含進口料件但在海南自由貿易港加工增值超過30%（含30%）的貨物，進入內地免征進口關稅。結合企業所得稅15%優惠稅率對“實質性經營”的要求，如果海南自貿港企業進口料件后，在自貿港設立一定的生產加工功能，使得產成品的增值達到或超過30%，則一方面這一“加工功能”可以作為企業在自貿港的“實質性經營”活動，使其有機會享受15%企業所得稅優惠稅率，另一方面又能夠實現從“一線”外至“二線”內零關稅稅負，既降低企業稅負，增加利潤，同時減輕企業現金流壓力。
安永提醒：
《總體方案》的出臺無疑對于企業和人才落戶海南注入了一劑強心針。稅收政策和經濟發展總是相輔相成，對國家如此，對區域如此，對于企業也是如此。對于擬投資海南自貿港的企業而言，面對自貿港的政策紅利，除了要充分研究政策、關注政策的發展外，還應該從自身的商業發展需求出發，研究探索如何優化商業模式以充分享受海南自貿區的稅收政策紅利。
