自2008年1月1日起，我國新《企業所得稅法》施行。同年，與之配套的高新技術企業認定管理工作啟動。據科技部統計，目前全國通過認定的高新技術企業已近4萬個。2008年以來，這些通過認定的高新技術企業陸續享受到企業所得稅優惠稅率15%，而企業所得稅的稅率為25%.依照相關規定，高新技術企業只有通過認定，才能享受到上述優惠；高新技術企業資格自頒發證書之日起有效期為3年，到期復審。
2008年8月，由科技部、財政部、國家稅務總局組成的認定小組啟動高新技術企業認定工作。根據《高新技術企業認定管理辦法》，所有高新技術企業都需要依據新標準重新認定。該辦法在核心自主知識產權、研發活動、研發費用投入以及高新收入等方面均設置了嚴格條件，致全國高新企業重新洗牌。2009年底，全國高新技術企業共25386個，比實行新標準前的2007年底減少30661個，降幅高達54.7%.
依規定，高新資格自頒發證書之日起有效期為3年，2008年通過認定的首批高新技術企業資格認定到期。據悉，2008年，全國34個地區（不含新疆、西藏）共有15547家企業通過了高新技術企業評審認定，記者從科技部了解到，目前，復審報備工作已經結束，全國已有12849個于2008年取得高新資格的高新企業通過復審（截至2011年12月初）。
在高新企業認定及所得稅優惠實施過程中，由科技部、財政部、國家稅務總局等相關部門組成的認定機構對高新技術企業的監管力度日益加大。3年來，審計署、財政部和科技部均對已通過認定的高新技術企業進行了抽查，部分已取得高新技術企業資質的企業也因此被撤銷資格。對此，科技部等國家高新認定主管部門明確提出，將通過高新技術企業復審集中清理掉不符合標準的高新企業。
企業所得稅優惠對于扶持高新技術企業發展，提高我國企業自主創新能力起到了重大作用。實行高新技術企業新的認定標準以來，盡管高新技術企業數量與2007年相比有所減少，但企業創造的凈利潤實現連年增加。2010年，全國高新技術企業凈利潤達9807億元，同比增長54.9%.同年，我國共投入研究開發經費7062.6億元，占國內生產總值的1.76%。
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