辦稅服務廳受理納稅人報送的數據后，將其導入稽核系統，同時出具《數據接收結果通知書》。
第三條納稅人采取網上申報方式的，需將《海關完稅憑證抵扣清單》(電子數據)通過網上申報系統進行報送，并自行打印《數據接收結果通知書》。
第四條納稅人發生真實交易但由于客觀原因造成海關繳款書逾期的，應按照《國家稅務總局關于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》(國家稅務總局公告2011年第50號)規定，經主管稅務機關審核、逐級上報，由國家稅務總局認證、稽核比對后，對比對相符的海關繳款書，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額。
第五條每月1日至納稅申報期結束前2日，稽核系統會生成《稽核結果通知書》，提供上月海關繳款書稽核比對結果信息。稽核對比結果為“滯留”的，留待下期繼續比對。
第六條每月1日至納稅申報期結束前2日，納稅人可主動到辦稅服務廳索取、確認《稽核結果通知書》，憑通知書上“稽核相符稅額”當月申報抵扣海關繳款書進項稅額。
辦稅服務廳應為納稅人確認、出具《稽核結果通知書》。
第七條每月1日至納稅申報期結束前2日，納稅人可通過網上申報系統自行確認《稽核結果通知書》，并進行查詢打印，憑通知書上“稽核相符稅額”當月申報抵扣海關繳款書進項稅額。
第八條對于稽核比對結果為不符、缺聯的海關繳款書，如納稅人有異議，應于產生稽核結果的180日內，持海關繳款書原件及《“異常”海關繳款書數據核對申請書》(附件1)到辦稅服務廳申請數據修改或者核對。
辦稅服務廳接到納稅人報送的《“異常”海關繳款書數據核對申請書》后，通過稽核系統進行受理，并將海關繳款書原件與電子數據進行復核，復核通過后，海關繳款書可再次參與稽核比對。海關繳款書復印件留存備查。
第九條再次參與稽核比對的海關繳款書比對結果仍為不符、缺聯的，辦稅服務廳應于納稅人提交《“異常”海關繳款書數據核對申請書》申請核對之日起2日內，通過《海關繳款書稽核比對異常信息傳遞單》(附件2，以下簡稱《傳遞單1》)將相關信息傳遞至貨物和勞務稅管理部門。
第十條貨物和勞務稅管理部門應在接到辦稅服務廳傳來《傳遞單1》的13日內向稅款入庫地直屬海關發出《海關繳款書委托核查函》(附件3)，同時附海關繳款書復印件。全國各海關聯系方式可自海關總署網站或撥打12360查詢。
《海關繳款書委托核查函》編號為20位，編碼規則為：第1至11位為主管稅務機關代碼，第12位為“發”，第13至16位為年份，第17至20位為順序號。
第十一條貨物和勞務稅管理部門收到稅款入庫地直屬海關出具的《海關繳款書核查回復函》后，應于當月填具《異常海關繳款書審核檢查結果傳遞單》(附件4，以下簡稱《傳遞單2》)，并將其傳遞至辦稅服務廳。
第十二條對于稽核比對結果為重號的海關繳款書，由稅務機關進行核查。
重號，是指兩個或兩個以上的納稅人申請稽核同一份海關繳款書，并且比對的相關數據與海關已核銷海關繳款書數據相同。
貨物和勞務稅管理部門于每月納稅申報期結束后2日內，通過稽核系統查詢比對結果為重號的海關繳款書信息，填具《傳遞單1》，將信息傳遞至稅源管理部門進行核查。
第十三條稅源管理部門應在接到貨物和勞務稅管理部門傳來的《傳遞單1》的30日內進行實地核查，根據核查結果填寫《傳遞單2》，并將其傳回貨物和勞務稅管理部門。
稅源管理部門核查中，發現納稅人取得的海關繳款書為復印件的，除法律、法規、規章另有規定外，不得申請抵扣增值稅進項稅額。發現納稅人取得的海關繳款書為原件的，傳遞給貨物和勞務稅管理部門，由貨物和勞務稅管理部門向重號的其他納稅人主管國稅機關發起協查，協查其申請抵扣的海關繳款書是否為原件。如對方回函取得的海關繳款書為復印件，則允許轄區內的納稅人申請抵扣進項稅額；如對方回函取得的海關繳款書為原件，則由雙方主管國稅機關會同海關確定允許抵扣進項稅額的納稅人。
第十四條貨物和勞務稅管理部門根據稅源管理部門的核查結果或者異地主管稅務機關的協查結果，于當月填具《傳遞單2》，并將其傳遞至辦稅服務廳。
第十五條辦稅服務廳收到《傳遞單2》后，應于當月出具《海關繳款書核查結果通知書》(附件5)告知納稅人，納稅人于收到通知書的次月申報期內申報抵扣。
第十六條貨物和勞務稅管理部門收到海關發出的《進口增值稅抵扣信息委托核查函》后，對其中海關繳款書涉及的進口增值稅申報抵扣情況進行核查確認，在30日內以《進口增值稅抵扣信息核查回復函》(附件6)回復發函海關。
《進口增值稅抵扣信息核查回復函》編號為20位，編碼規則為：第1至11位為主管稅務機關代碼，第12位為“復”，第13至16位為年份，第17至20位為順序號。
第十七條本規程由湖北省國家稅務局負責解釋。
第十八條本規程自2014年1月1日起施行.
