本案例中，稅務(wù)機(jī)關(guān)在檢查時(shí)能否對該公司2010年度的企業(yè)所得稅征收方式按查賬征收來查補(bǔ)稅款呢？本人認(rèn)為應(yīng)該將其2010年度征收方式變更為查賬征收，并可以按查賬征收方式的稅款要求甲公司補(bǔ)繳稅款。理由如下：
1．甲公司作為匯總納稅企業(yè)，本來就不得核定征收企業(yè)所得稅。
（1）匯總納稅企業(yè)的定義
《企業(yè)所得稅法》第五十條規(guī)定，居民企業(yè)在中國境內(nèi)設(shè)立不具有法人資格的營業(yè)機(jī)構(gòu)的，應(yīng)當(dāng)匯總計(jì)算并繳納企業(yè)所得稅。《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)[2008]28號）規(guī)定，居民企業(yè)在中國境內(nèi)跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計(jì)劃單列市）設(shè)立不具有法人資格的營業(yè)機(jī)構(gòu)、場所的，該居民企業(yè)為匯總納稅企業(yè)。本案例中，甲公司設(shè)立了跨省的非法人分支機(jī)構(gòu)A分公司和B分公司，因此其顯然屬于匯總納稅企業(yè)。
（2）匯總納稅企業(yè)不得核定征收
《關(guān)于印發(fā)〈企業(yè)所得稅核定征收辦法〉（試行）的通知》（國稅發(fā)[2008]30號）第三條規(guī)定，特殊行業(yè)、特殊類型的納稅人和一定規(guī)模以上的納稅人不適用本辦法。上述特定納稅人由國家稅務(wù)總局另行明確。《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所得稅核定征收若干問題的通知》（國稅函[2009]377號）對國稅發(fā)[2008]30號文件第三條第二款所稱“特定納稅人”進(jìn)行明確，其中包括匯總納稅企業(yè)。
因此，甲公司作為匯總納稅企業(yè)，是國家稅務(wù)總局明文禁止采取核定征收方式征收企業(yè)所得稅的納稅人，對其采取核定征收方式征收企業(yè)所得稅，本身就是一個(gè)錯(cuò)誤的行為。
2．稅務(wù)機(jī)關(guān)可以對甲公司按規(guī)定追繳稅款。
（1）因稅務(wù)機(jī)關(guān)的責(zé)任造成納稅人少繳稅款的，三年內(nèi)可要求納稅人補(bǔ)繳稅款。
《稅收征收管理法》第五十二條規(guī)定，因稅務(wù)機(jī)關(guān)的責(zé)任，致使納稅人、扣繳義務(wù)人未繳或者少繳稅款的，稅務(wù)機(jī)關(guān)在三年內(nèi)可以要求納稅人、扣繳義務(wù)人補(bǔ)繳稅款，但是不得加收滯納金。《稅收征收管理法實(shí)施細(xì)則》第八十條規(guī)定，稅收征管法第五十二條所稱稅務(wù)機(jī)關(guān)的責(zé)任，是指稅務(wù)機(jī)關(guān)適用稅收法律、行政法規(guī)不當(dāng)或者執(zhí)法行為違法。
（2）本案例中是否存在稅務(wù)機(jī)關(guān)的責(zé)任？
《關(guān)于印發(fā)〈企業(yè)所得稅核定征收辦法〉（試行）的通知》（國稅發(fā)[2008]30號）規(guī)定，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)要嚴(yán)格按照規(guī)定的范圍和標(biāo)準(zhǔn)確定企業(yè)所得稅的征收方式，不得違規(guī)擴(kuò)大核定征收企業(yè)所得稅范圍。本案例中，稅務(wù)機(jī)關(guān)對甲公司核定征收企業(yè)所得稅，顯然屬于違規(guī)擴(kuò)大核定征收企業(yè)所得稅范圍的行為，違反了國家稅務(wù)總局的規(guī)定。
本案例中，稅務(wù)機(jī)關(guān)的行為應(yīng)該屬于上述《稅收征收管理法實(shí)施細(xì)則》第八十條規(guī)定的執(zhí)法行為違法，屬于稅務(wù)機(jī)關(guān)的責(zé)任，由于從2012年3月至2010年度未超過三年，因此稅務(wù)機(jī)關(guān)除了應(yīng)將甲公司2010年度的征收方式變更為查賬征收外，可以同時(shí)要求納稅人補(bǔ)繳稅款，但是不得加收滯納金。
需要注意的是，除了本案例中的匯總納稅企業(yè)外，國家稅務(wù)總局明文規(guī)定，不得核定征收的企業(yè)還有上市公司、金融企業(yè)、經(jīng)濟(jì)鑒證類社會中介機(jī)構(gòu)、享受《企業(yè)所得稅法》及其實(shí)施條例和國務(wù)院規(guī)定的一項(xiàng)或幾項(xiàng)企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策的企業(yè)（不包括僅享受《企業(yè)所得稅法》第二十六條規(guī)定免稅收入優(yōu)惠政策的企業(yè)）以及國家稅務(wù)總局規(guī)定的其他企業(yè)等等。
