農民專業合作社目前正得到快速發展。根據《增值稅一般納稅人資格認定管理辦法》（國家稅務總局令第22號）第三條的規定，增值稅納稅人（以下簡稱納稅人），年應稅銷售額超過財政部、國家稅務總局規定的小規模納稅人標準的，除本辦法第五條規定外，應當向主管稅務機關申請一般納稅人資格認定。
因此，對于達到一定規模的農業合作社，應向主管稅務機關申請一般納稅人資格認定。
農民專業合作社被認定為增值稅一般納稅人后，因為銷售的是本社成員生產的農業產品，根據《財政部、國家稅務總局關于農民專業合作社有關稅收政策的通知》（財稅[2008]81號）第一條的規定，對農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品免征增值稅。
增值稅暫行條例第二十一條第三項規定，銷售貨物或者應稅勞務適用免稅的不得開具增值稅專用發票。根據該規定，農民專業合作社不能開具增值稅專用發票。《財政部、國家稅務總局關于免征部分鮮活肉蛋產品流通環節增值稅政策的通知》（財稅[2012]75號）第三條規定，增值稅暫行條例第八條所列準予從銷項稅額中扣除的進項稅額的第（三）項所稱的“銷售發票”，指小規模納稅人銷售農產品依照3%征收率按簡易辦法計算繳納增值稅而自行開具或委托稅務機關代開的普通發票，排除了增值稅一般納稅人（包括農民專業合作社）取得的普通發票不能抵扣銷項稅額。這將直接影響農民專業合作社的經濟利益。
鑒于此種情況，農民專業合作社為了銷售免稅農產品，并且購買方能抵扣銷項稅額，可以選擇放棄免稅。根據增值稅暫行條例實施細則第三十六條的規定，納稅人銷售貨物或者應稅勞務適用免稅規定的，可以放棄免稅，依照條例的規定繳納增值稅。
農民專業合作社放棄免稅后，就能開具增值稅專用發票，同時可以向本社社員開具收購發票計提進項稅額。政策依據是：發票管理辦法第十九條規定，銷售商品、提供服務以及從事其他經營活動的單位和個人，對外發生經營業務收取款項，收款方應當向付款方開具發票；特殊情況下，由付款方向收款方開具發票的規定。
因為本社社員不能開具銷售發票，屬特殊情況，由農民專業合作社向本社社員開具收購發票。經過這樣處理，農民專業合作社就可開具增值稅專用發票，向本社社員開具的網絡收購發票能按收購價依13%的扣除率計算進項稅額。由于經營農產品的稅收政策是“高抵低征”，原價收購原價銷售還會產生留抵稅，放棄免稅后不會增加合作社的稅負，相反還有留抵稅，企業可以進行多種經營，這樣稅負也很低。
不過農民專業合作社放棄免稅后，企業的財務核算將比較復雜，相應的電子設備款項要增加，合作社要有所考慮。 |
