2月4日，科技部、財政部、國家稅務總局聯合印發了修訂后《高新技術企業認定管理辦法》（國科發火〔2016〕32號）。
修訂后的辦法相較于之前的辦法，新增了一條內容：
第十八條跨認定機構管理區域整體遷移的高新技術企業，在其高新技術企業資格有效期內完成遷移的，其資格繼續有效；跨認定機構管理區域部分搬遷的，由遷入地認定機構按照本辦法重新認定。
除此之外，修訂后的辦法對于領導小組的職責要求、高新技術企業的資格認定審查、認定條件等都有了不少的變化。
一、組織與實施
1、新辦法調整了由科技部、財政部、稅務總局組成全國高新技術企業認定管理工作領導小的主要職責。
2、新辦法細化了領導小組的組成人員，并對于領導小組的職責做出了更為細致的規定，原先的辦法對于領導小組的職責只進行了粗略的要求，新辦法不僅在原先的基礎上保留了領導小組的職責，并且對于領導小組的職責要求提出了更高的要求。
3、新辦法在高新技術企業認定管理機構下面新設了辦公室，由省級、計劃單列市科技、財政、稅務部門相關人員組成，辦公室設在省級、計劃單列市科技行政主管部門。此外，新辦法在原有的基礎上，對于認定機構的工作進行了更為細致的劃分，提出了更高的要求。在原先的基礎上，新辦法要求認定機構需要向領導小組提交管理工作報告、將認定后的高新技術企業向領導小組備案，對于通過備案的企業頒發證書、負責遴選參與認定工作的評審專家(包括技術專家和財務專家)，并加強監督管理和落實領導小組及其辦公室提出的整改建議。
新辦法取消了對于減稅、免稅條件變化之后應在15日內向主管稅務機關報告的規定。
二、認定條件與程序
1、新辦法對于高新技術企業的認定條件做出了適當的放寬。
首先，對于企業的注冊地和資質要求進行了放寬。原先辦法，只有滿足在中國境內（不含港澳臺地區）注冊的企業并擁有3年或5年以上資質才能申請資格認定；新辦法只要企業注冊時間超過1年就可以進行申請認定；
其次，新辦法對于企業從事研發和相關技術創新活動的科技人員占企業當年職工總數的比例從原先的30%降低到了10%，并取消了學歷的限制；
第三，新辦法較舊辦法降低了對于年收入小于5000萬的企業收取對于研究開發費用總額占銷售收入總額的比例，由原先的6%降低為5%；
但是，在認定條件放寬的同時，對于企業的要求變得更為嚴格。
新辦法要求企業申請認定前一年內未發生重大安全、重大質量事故或嚴重環境違法行為。
2、新辦法和舊辦法相比起來，對于材料的提交有了新的要求，由原先的6項材料變為8項材料提交。新的要求提交的材料為：
（1）高新技術企業認定申請書
（2）證明企業依法成立的相關注冊登記證件
（3）知識產權相關材料、科研項目立項證明、科技成果轉化、研究開發的組織管理等相關材料
（4）企業高新技術產品(服務)的關鍵技術和技術指標、生產批文、認證認可和相關資質證書、產品質量檢驗報告等相關材料
（5）企業職工和科技人員情況說明材料；
（6）經具有資質的中介機構出具的企業近三個會計年度研究開發費用和近一個會計年度高新技術產品(服務)收入專項審計或鑒證報告，并附研究開發活動說明材料；
（7）經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務會計報告(包括會計報表、會計報表附注和財務情況說明書)；
（8）近三個會計年度企業所得稅年度納稅申報表。
3、在資格審查上面有了變化
在合規審查上面，由原先的抽取專家審查，變更為隨機抽取專家審計進行審查；審查過后的“高新技術企業認定管理工作網”的公示時間也由原先的15日變更為10日。
新辦法取消了對高新技術企業的復審認定，要求在每年5月底前在“高新技術企業認定管理工作網”填報上一年度知識產權、科技人員、研發費用、經營收入等年度發展情況報表。
四、監督管理
新辦法在取消高新技術企業資格的辦法中，取消了有偷、騙稅等行為的這一條款。在處罰力度上面，由5年內不再受理被處罰企業的認定申請變更為追繳被處罰企業發生違規行為之日所屬年度起已享受的高新技術企業。
五、擴充重點支持的高新技術領域。
新辦法將制造業中的增材制造與應用等新技術和服務業中的檢驗檢測認證等技術，以及文化創意、電子商務與現代物流等領域的相關技術納入支持范圍，同時剔除一批落后技術，使政策優惠發揮對科技創新的牽引作用。
