例如：2008年10月，某創業投資企業采取股權投資方式投資未上市的中小高新技術企業100萬元，于2011年6月以200萬元進行轉讓，該創投企業2010年應納稅所得額為60萬元，假定該創投企業和中小高新技術企業的資質符合國稅發[2009]87號文件規定，且已按該文件規定進行了備案。那么，該創投企業2010年應納多少所得稅？股權轉讓所得是多少？
第一，計算2010年所得稅。截至2010年10月該創業投資企業投資滿2年，可以按照其投資額的70%在當年抵扣應納稅所得額；當年不足抵扣的，可以在以后納稅年度結轉抵扣。應納稅所得額=60-100×70%=-10（萬元）。2010年應交所得稅為零，且未抵完的10萬元在以后納稅年度結轉抵扣。
第二，計算股權轉讓所得。股權轉讓收入為200萬元，那么股權轉讓成本為多少？是100萬元還是30萬元（100-70）？支持30萬元的觀點認為：創業投資企業在2010年已經抵扣70萬元，不能重復扣除。國家對創業投資企業稅收優惠的初衷在于創投企業資金比較緊張，允許其投資成本提前收回，相當于國家給予的一種無息貸款，該優惠實際上是稅收與會計的時間性差異，所以不允許重復扣除。
筆者認為應按100萬元扣除，原因有二：根據《企業所得稅法》精神，在計算應納稅所得額及應納所得稅時，企業財務、會計處理辦法與稅法規定不一致的，應按照企業所得稅法規定計算。《企業所得稅法》規定不明確的，在沒有明確規定之前，暫按企業財務、會計規定計算。那么稅法沒有文件明確規定創業投資企業已抵扣應納稅所得額部分投資額在股權轉讓時不允許稅前扣除，就應該按照會計成本100萬元扣除。另外，筆者認為該項優惠不僅僅是像固定資產加速折舊一樣給予時間上（成本提前收回）的稅收優惠，不是會計與稅收的時間性差異，時間性差異一般是會計原理和稅法原理發生明顯沖突在無法協調的情況下造成的。創業投資是一項高風險、長周期的投資，很多投資可能血本無歸。國家為了鼓勵創業投資出臺了該項稅收優惠政策，是由于其存在高風險而給予了實實在在的稅額優惠。所以，股權轉讓所得應為200-100=100（萬元）。
