個人所得稅。
1．“利息、股息、紅利所得”。
《國家稅務總局關于<關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定>執行口徑的通知》（國稅函[2001]84號）第二條規定，個人獨資企業和合伙企業對外投資分回的利息或者股息、紅利，不并入企業的收入，而應單獨作為投資者個人取得的利息、股息、紅利所得，按“利息、股息、紅利所得”應稅項目計算繳納個人所得稅。以合伙企業名義對外投資分回利息或者股息、紅利的，應按《通知》所附規定的第五條精神確定各個投資者的利息、股息、紅利所得，分別按“利息、股息、紅利所得”應稅項目計算繳納個人所得稅。
先分紅再投資需納稅。《國家稅務總局關于股份制企業轉增股本和派發紅股征免個人所得稅的通知》（國稅發[1997]198號）確定了股份制企業留存收益轉增資本金應征收個稅的問題。通知規定，一、股份制企業用資本公積金轉增股本不屬于股息、紅利性質的分配，對個人取得的轉增股本數額，不作為個人所得，不征收個人所得稅。二、股份制企業用盈余公積金派發紅股屬于股息、紅利性質的分配，對個人取得的紅股數額，應作為個人所得征稅。
《國家稅務總局關于原城市信用社在轉制為城市合作銀行過程中個人股增值所得應納個人所得稅的批復》（國稅函[1998]289號）作了進一步解釋：“國稅發[1997]198號中所表述的資本公積金是指股份制企業股票溢價發行收入所形成的資本公積金。將此轉增股本由個人取得的數額，不作為應稅所得征收個人所得稅。而與此不相符合的其他資本公積金分配個人所得部分，應當依法征收個人所得稅。”
《中國人民銀行、國家工商行政管理局關于城市合作銀行變更名稱有關問題的通知》（銀發〔1998〕94號）明確，一、鑒于城市合作銀行是股份制商業銀行，不具有“合作”性質，經國務院同意，將“××城市合作銀行”名稱變更為“××市商業銀行股份有限公司”，銀行在牌匾及廣告宣傳中可以使用簡化名稱“××市商業銀行”。可見城市合作銀行也是股份制企業。國稅函[1998]289號是對個案的批復，原請示內容中原城市信用社在轉制為城市合作銀行過程中是否有資本公積--資本溢價轉為注冊資本的情況無從知曉。因此，國稅發[1997]198號、國稅函[1998]289號都是針對股份制企業轉增股本和派發紅股征征免個人所得稅的問題。
非股份制企業轉增實收資本也不例外。《國家稅務總局關于轉增注冊資本征收個人所得稅問題的批復》（國稅函[1998]333號）也是對個案的批復，但此文道出了企業轉增實收資本（股本）征免個人所得稅的原理。青島路邦石油化工有限公司將從稅后利潤中提取的法定公積金和任意公積金轉增注冊資本，實際上是該公司將盈余公積金向股東分配了股息、紅利，股東再以分得的股息、紅利增加注冊資本。因此，依據《國家稅務總局關于股份制企業轉增股本和派發紅股征免個人所得稅的通知》（國稅發[1997]198號）精神，對屬于個人股東分得并再投入公司（轉增注冊資本）的部分應按照“利息、股息、紅利所得”項目征收個人所得稅，稅款由股份有限公司在有關部門批準增資、公司股東會決議通過后代扣代繳。青島路邦石油化工有限公司不是股份有限公司，但仍應依據國稅發[1997]198號精神處理。
資本溢價轉增注冊資本無需納稅。非股份制企業資本公積中的資本金溢價是投資者投入的資本大于按其投資比例計算的出資額部分的金額記入“資本公積―資本溢價”科目，股本溢價則是股份制企業溢價發行股票的溢價部分。股本溢價和資本溢價是都資本金溢價，只是企業注冊類型不同形成的資本金表現形式不同，從而資本金溢價的會計科目不同而已，他們都是投資人投入資本或者股本形成的，資本溢價不屬于企業得利，更不是企業收入，資本（股本）溢價轉增資本不是國稅函[1998]333號規定的先分紅再投資，和股息、紅利無關，所以不屬于資本（股權）增值，不征收個人所得稅。
因此，無論是股份制企業還是非股份制企業用資本金溢價轉增注冊資本個人所得稅處理是相同的，都不作為個人所得，不征收個人所得稅；而與此不相符合的其他資本公積金分配個人所得部分，應當依法征收個人所得稅。
2．“個體工商戶生產經營所得”。
《關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定》（財稅[2000]91號） 第四條規定，個人獨資企業和合伙企業（以下簡稱企業）每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以下損失后的余額，作為投資者個人的生產經營所得，比照個人所得稅法的“個體工商戶的生產經營所得”應稅項目，適用5％－35％的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。前款所稱收入總額，是指企業從事生產經營以及與生產經營有關的活動所取得的各項收入。《國家稅務總局關于切實加強高收入者個人所得稅征管的通知》（國稅發[2011]50號）規定，對個人獨資企業和合伙企業從事股權（票）、期貨、基金、債券、外匯、貴重金屬、資源開采權及其他投資品交易取得的所得，應全部納入生產經營所得，依法征收個人所得稅。
修改后的《證券登記結算管理辦法》在2009年12月21日實行。該辦法第十九條增加了一款，作為第二款，規定“前款所稱投資者包括中國公民、中國法人、中國合伙企業及法律、行政法規、中國證監會規章規定的其他投資者。”在此之前，合伙企業組織形式的企業并未確定開戶依據，而新辦法增加了合伙企業組織形式的企業作為開立證券賬戶的主體。
國稅發[2011]50號下發之前，由于財稅[2000]91號和《國家稅務總局關于<關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定>執行口徑的通知》（國稅函[2001]84號）下發時間較早，沒有考慮到專門從事股權、債券等投資經營的合伙制私幕基金的個稅處理。合伙制私幕基金從事債券等投資經營取得的利息、股息、紅利所得和投資資產轉讓所得只能分別按“利息、股息、紅利所得”和“財產轉讓所得”征稅。合伙制私幕基金按“利息、股息、紅利所得”和“財產轉讓所得”處理的結果是企業發生的大量費用不能扣除。眾所周知，“利息、股息、紅利所得”不能扣除任何費用，“財產轉讓所得”只能扣除財產原值和合理稅費。也就是說合伙制私幕基金如果沒有其他經營業務，則除投資資產原值和合理稅費外的所有費用均不能稅前扣除。并且“財產轉讓所得”按次征收，以每次收入額減除財產原值和合理稅費為計稅依據。每次“財產轉讓所得”盈虧不能抵補。對于一般個人獨資企業和合伙企業來說，對外投資行為與生產、經營活動無關，投資資產產生的利息或者股息、紅利和投資資產轉讓所得不按生產經營所得征稅。上述處理對一般合伙企業來說是不無道理。而合伙制私幕基金卻不同，合伙制私幕基金也是私營合伙企業，只是經營范圍有別。合伙制私幕基金是專門從事股權、債券等投資經營的合伙企業，投資資產轉讓所得是合伙企業的主營范圍，自然應當是生產經營所得，國稅發[2011]50號下發明確了應按照“個體工商戶的生產經營所得”繳納個人所得稅。
投資資產轉讓收入的確認時間。財稅[2000]91號第四條第二款規定，合伙企業收入總額，是指企業從事生產經營以及與生產經營有關的活動所取得的各項收入，包括商品（產品）銷售收入、營運收入、勞務服務收入、工程價款收入、財產出租或轉讓收入、利息收入、其他業務收入和營業外收入。投資資產轉讓收入應當屬于“財產出租或轉讓收入”中的財產轉讓收入。因此應當在投資資產轉讓時確認收入的實現。
企業所得稅。
合伙人是法人和其他組織的，繳納企業所得稅。
“先分后稅”的基本規則。財稅[2008]159號三、合伙企業生產經營所得和其他所得采取“先分后稅”的原則。具體應納稅所得額的計算按照《關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定》（財稅[2000]91號）及《財政部國家稅務總局關于調整個體工商戶個人獨資企業和合伙企業個人所得稅稅前扣除標準有關問題的通知》（財稅[2008]65號）的有關規定執行。前款所稱生產經營所得和其他所得，包括合伙企業分配給所有合伙人的所得和企業當年留存的所得（利潤）。無論是個人合伙人，還是法人合伙人，都采取“先分后稅”的基本規則。即按照財稅[2000]91號、財稅[2008]65號規定計算的應納稅所得額和合伙協議約定的分配比例確定應納稅所得額，并入法人合伙人當年的應納稅所得額計算申報繳納企業所得稅。
法人合伙人對合伙企業投資不適用《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第十七條規定的股息、紅利等權益性投資收益按照被投資方作出利潤分配決定的日期確認收入的實現。而應按財稅[2008]159號規定的“先分后稅”的基本規則處理，即按照國稅函[2001]84號規定在分回利息或者股息、紅利時（包括先分紅再投資）按合伙協議約定的分配比例計算確定應納稅所得額，并入法人合伙人當年的應納稅所得額計算申報繳納企業所得稅。
因此，作為法人合伙人企業所得稅的確認時間為按“先分后稅”基本規則確認的應納稅所得額，和前述個人所得稅的收入確認時間相同。
須要說明的是，《中華人民共和國企業所得稅法》第二十六條（二）符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益免稅收入。符合條件的居民企業指的是投資人被資人都是企業所得稅法規定的企業所得稅居民企業納稅人。個人獨資企業、合伙企業不是企業所得稅納稅人，法人合伙人取得合伙企業權益性投資收益的不能適用。
關于所得稅稅負。
作為個人合伙人“先分后稅”的基本規則有效解決了對一項所得重復征收個稅的問題，分回的利息或者股息、紅利按“利息、股息、紅利所得”適用20%的稅率；從事股權（票）及其他投資品交易取得的所得，納入“個體工商戶生產經營所得”，適用5％－35％的五級超額累進稅率。
法人合伙人按照財稅[2000]91號、財稅[2008]65號、國稅函[2001]84號規定計算的應納稅所得額和合伙協議約定的分配比例確定應納稅所得額繳納企業所得稅適用稅率為25%，利潤分配給個人股東時按“利息、股息、紅利所得”適用20%的稅率扣繳個人所得稅。公司制企業的所得稅特點本身就存在重復征稅問題，而并非僅針對有限合伙制私募基金的法人合伙人。其應納稅所得額是按照“先分后稅”的基本規則及相關規定計算的而不是簡單的投資入股價與處置價的差額（“個體工商戶生產經營所得”同樣如此），按40%稅率征收所得稅。
以上分析可知，對于合伙制企業來說無論是個人所得稅還企業所得稅傳言所謂“賬面浮盈稅”都不存在。以基金所投資企業首次公開募股(IPO)為征稅時間點，將私募股權(PE)投資入股價與投資項目IPO招股價的差額作為“增值部分”，按40%稅率征收所得稅，更是子虛烏有。
